非過敏的食物不耐癥的病例至少比食物過敏多10倍以上，這與其說是免疫反應，毋寧說是一種酶缺乏的結果，伴隨癥狀包括頭痛、沮喪、胃腸脹氣或腹瀉。
食物不耐癥常伴隨體內缺乏一種特殊酶，這個酶可以屬于消化系統，如乳糖酶或胰臟的脂肪酶，乳糖酶量不足造成對牛奶里的乳糖不耐受，而胰臟的脂肪酶缺乏時，引起膳食脂肪不耐受。
酶的缺乏可能發生在身體其它部位。例如，分解胺類的高活性酶——單胺氧化酶的缺乏，可能導致在吃進某些食物后發生偏頭痛。
可以用食物排除法檢定引起不耐癥的食物。患者若將某種癥狀與某種食物聯系起來，就極可能在吃了該項食物后產生那些癥狀。當某些食物從飲食中被排除后，許多癥狀也消失了。