目前，大多食品企業，特別是出口食品企業在HACCP原理的基礎上建立了食品安全管理體系，通過建立和實施食品安全管理體系，提高了食品安全管理水平，保證了食品的安全衛生質量。但是，食品企業在建立和實施食品安全管理體系過程中，由于種種原因，導致體系的建立和實施存在問題，影響了體系在保證食品安全方面的有效性。
　　體系建立和實施中常見問題

　　領導重視不夠
　　領導的重視和參與是企業建立和有效實施管理體系的關鍵。這里所說的領導重視不夠，是指食品企業的管理者沒有把管理體系的重視落實到行動上，沒有使管理體系在組織的各層次得到貫徹執行。由于領導重視和參與不夠，使得整個組織的人員對體系的作用認識不足、學習不夠，導致體系的文件規定得不到有效的執行，使體系和組織的實際管理要求出現了“兩張皮”。
　　培訓不足
　　許多企業的食品安全管理人員沒有受到系統、有效、經常性的食品安全管理體系知識的培訓。筆者在審核過程中，經常遇到許多人員不知道體系文件規定的情況。這種培訓的欠缺，導致食品企業建立的食品安全管理體系缺乏符合性和適宜性，也導致實際操作偏離文件規定的情況時有發生。
　　專業人員缺乏
　　目前，食品企業不僅存在招工困難的問題，而且還突出地存在缺乏掌握食品安全、食品檢測和管理體系要求知識的專業人員的問題。食品企業由于受種/養殖基地的限制，大多位于鄉村或城郊，因受生活條件的影響，食品企業很難招到相關專業的高學歷人員。企業保持和實施已建立的管理體系所需的合格的內審員更是缺乏。
　　體系持續改進性欠缺
　　由于存在以上問題，使得有些食品企業很難進行一次像樣的內部審核，普遍存在內部審核不深入、走過場的現象，難以發現體系運行中存在的問題，改進體系更無從談起；即使在內部審核時發現了問題，也往往只是糾正，而不能夠采取有效的糾正措施或預防措施，造成體系的有效性大打折扣。
　　實驗室檢測能力低
　　除了大型的食品企業外，許多小型企業實驗室不健全，缺乏檢測設備和檢測人員。產品合格與否經常依賴官方的抽檢或委托檢驗等，阻礙了體系要求的日常監測工作的開展實施。
　　HACCP計劃建立和實施常見問題
　　一是HACCP計劃沒有分品種建立，導致HACCP計劃過于籠統，缺乏針對性。
　　二是流程圖與實際不符，比如有些企業現場存在用兩種手段/工藝加工同一種產品，而在流程圖中只列明一種，有的在原料接收后有暫存環節，但在流程圖中沒有體現等。
　　三是產品描述沒有體現安全特性方面內容，對于產品特性多描述為“富含維生素、營養豐富”等，而沒有描述蛋白質含量、水分、鹽分、ph值等內容。
　　四是危害分析不充分，應該分析出的危害沒有分析出來或危害的描述過于籠統。比如，在原料驗收環節，有的描述化學危害為農藥殘留，而沒有列明具體是哪些農藥殘留等。
　　五是關鍵控制點的確定不正確，表現為有的生產加工環節應該為關鍵控制點卻沒有識別，或關鍵控制點識別得太多，重點不突出。
　　六是關鍵限值確定不合理，主要表現為將關鍵限值和操作限值混為一談，比如對金屬危害控制的金屬探測工序這一關鍵控制點的關鍵限值，將金屬探測器的使用說明書作為關鍵限值的確定依據；將關鍵控制點———殺菌環節的關鍵限值確定為100~110℃，10~15分鐘；對關鍵限值偏離熟視無睹，監控人員認為稍微偏離一點沒有問題等。
　　七是監控程序不合理，具體表現為監控方法不正確、監控頻率不合理、監控對象錯誤等，比如，對于采用蒸汽加熱而沒有自動控溫手段的加熱設備來講，采用按一定的時間間隔監控的頻率是不合適的。
　　八是糾正措施規定不到位，具體表現在對關鍵限值可能的偏離識別不到位和制定的糾正措施不符合要求，缺乏必要的控制內容。
　　九是沒有對體系進行確認，或不能獲得有效的確認證據。
　　十是驗證程序不能根據實際體現記錄復核、設備校準、產品檢驗等內容。實際操作中，還存在不按照驗證程序的規定時間或頻率對記錄進行復核、設備校準、產品檢驗等情況。
　　計劃建立和實施中常見問題
　　一是可追溯系統沒有建立或產品的可追溯性不能實現。
　　二是沒有對產品召回程序進行詳細策劃，建立的召回程序過于簡單，可操作性差，也沒有進行模擬演練以對程序合理性和可操作性進行驗證。
　　三是應急準備和響應程序中對應急情況的識別不到位，防止應急情況發生和發生時應急措施的制定不到位，沒有將文件要求的內容對員工進行培訓，也沒有在可行時進行演練。
　　四是設備管理等文件沒有考慮食品安全方面應注意的事項，如為防止食品污染，對設備維修后油污清理工作的要求沒有體現等。
　　五是文件和記錄的控制不符合要求，表現為文件未經批準就使用、作廢文件與現行文件并存、找不到文件及記錄、記錄不按照規定分類存檔、不按照規定期限保存、沒有規定記錄保存期限等。
　　六是計量器具的管理不符合要求，表現為不按照要求定期檢定/校準、校準方法沒有科學依據、不標明計量器具的校準狀態等。
　　七是衛生標準操作程序（ssop）和良好操作規范（gmp）等執行中存在不符合的情況，如飲用水管落地、不能按照要求對水質進行日常檢測、車間溫度以及冷庫溫度不符合要求等。
　　上述情況的存在，阻礙了食品企業食品安全管理體系的正常運行，妨礙了食品安全管理水平的提高，增加了不安全食品出現的可能性。（