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一、生物性污染
食品的生物性污染包括微生物、寄生蟲及昆蟲的污染。
微生物污染主要有細菌與細菌毒素、霉菌與霉菌毒素以及病毒等的污染。出現在食品中的細菌除包括可引起食物中毒、人畜共患傳染病等的致病菌外，還包括能引起食品腐敗變質并可作為食品受到污染標志的非致病菌。
病毒污染主要包括肝炎病毒、脊髓灰質炎病毒和口蹄疫病毒等污染，而其他病毒不易在食品上繁殖。
寄生蟲及其蟲卵主要是通過病人、病畜的糞便直接污染食品或通過水體和土壤間接污染食品。
昆蟲污染主要包括糧食中的甲蟲、螨類、蛾類以及動物食品和發酵食品中的蠅、蛆等污染。
控制措施：
應根據原料、產品和工藝的特點，針對生產設備和環境制定有效的清潔消毒制度，降低微生物污染的風險。
清潔消毒制度應包括以下內容：
清潔消毒的區域、設備或器具名稱；
清潔消毒工作的職責；
使用的洗滌、消毒劑；
清潔消毒方法和頻率；
清潔消毒效果的驗證及不符合的處理；
清潔消毒工作及監控記錄。
應確保實施清潔消毒制度，如實記錄；
及時驗證消毒效果，發現問題及時糾正。
嚴格控制食品加工過程的微生物污染。
二、化學性污染
食品化學性污染涉及范圍較廣，情況也較復雜。
主要包括：
①來自生產、生活和環境中的污染物，如農藥、獸藥、有毒金屬、多環芳烴化合物、N-亞硝基化合物、雜環胺、二英、三氯丙醇等。
②食品容器、包裝材料、運輸工具等接觸食品時溶入食品中的有害物質。
③濫用食品添加劑。
④在食品加工、貯存過程中產生的物質，如酒中有害的醇類、醛類等。
⑤摻假、制假過程中加入的物質，如在辣椒粉中摻入的化學染料蘇丹紅。
控制措施：
應建立防止化學污染的管理制度，分析可能的污染源和污染途徑，制定適當的控制計劃和控制程序。
應當建立食品添加劑和食品工業用加工助劑的使用制度，按照 GB 2760 的要求使用食品添加劑。
不得在食品加工中添加食品添加劑以外的非食用化學物質和其他可能危害人體健康的物質。
生產設備上可能直接或間接接觸食品的活動部件若需潤滑，應當使用食用油脂或能保證食品安全要求的其他油脂。
建立清潔劑、消毒劑等化學品的使用制度。
除清潔消毒必需和工藝需要，不應在生產場所使用和存放可能污染食品的化學制劑。
食品添加劑、清潔劑、消毒劑等均應采用適宜的容器妥善保存，且應明顯標示、分類貯存；領用時應準確計量、作好使用記錄。
應當關注食品在加工過程中可能產生有害物質的情況，鼓勵采取有效措施減低其風險。
三、物理性污染
有的物理性污染物可能并不威脅消費者的健康，但是嚴重影響了食品應有的感官性狀和（或）營養價值。
主要有：
①來自食品產、儲、運、銷的污染物，如糧食收割時混入的草籽、液體食品容器中的雜物、食品運銷過程中的灰塵等；
②食品的摻雜使假，如糧食中摻入的沙石、肉中注入的水、奶粉中摻入大量的糖等；
③食品的放射性污染，主要來自放射性物質的開采、冶煉、生產、應用及意外事故造成的污染。
控制措施：
應建立防止異物污染的管理制度，分析可能的污染源和污染途徑，并制定相應的控制計劃和控制程序。
應通過采取設備維護、衛生管理、現場管理、外來人員管理及加工過程監督等措施，最大程度地降低食品受到玻璃、金屬、塑膠等異物污染的風險。
應采取設置篩網、捕集器、磁鐵、金屬檢查器等有效措施降低金屬或其他異物污染食品的風險。
當進行現場維修、維護及施工等工作時，應采取適當措施避免異物、異味、碎屑等污染食品。
