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1進(jìn)出口食品檢驗(yàn)檢疫監(jiān)管體系不夠完善
一是監(jiān)管部門(mén)沒(méi)有對(duì)監(jiān)管給予足夠的重視，還是把重心更多的放在了檢驗(yàn)上面。重檢驗(yàn)輕監(jiān)管現(xiàn)象突出，批批檢驗(yàn)依然盛行。監(jiān)管做為檢驗(yàn)檢疫的前序工作，它開(kāi)展效果的好壞直接影響到其后的檢驗(yàn)工作，不可謂不重要。
二是現(xiàn)今監(jiān)管部門(mén)內(nèi)部之間的協(xié)調(diào)程度還很低，沒(méi)有能形成很好的合力，措施也不夠科學(xué)有效，缺乏針對(duì)性。部門(mén)之間的銜接存在許多問(wèn)題，導(dǎo)致部門(mén)之間沖突，這就造成監(jiān)管環(huán)節(jié)的重疊或空白。各部門(mén)之間是橫向的關(guān)系，各監(jiān)管部門(mén)相對(duì)獨(dú)立，相互間沒(méi)有隸屬或監(jiān)督關(guān)系，這對(duì)食品安全監(jiān)管也不利。涉及部門(mén)過(guò)多，相關(guān)具體標(biāo)準(zhǔn)和法規(guī)在制定上也不夠協(xié)調(diào)和系統(tǒng)，以致在部門(mén)利益的驅(qū)動(dòng)下，各自理解執(zhí)行，爭(zhēng)權(quán)奪利的現(xiàn)象時(shí)有發(fā)生
。
三是地方政府對(duì)進(jìn)出口食品安全的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)協(xié)調(diào)不力。由于檢驗(yàn)檢疫屬垂直管理部
門(mén)，與地方政府、相關(guān)部門(mén)缺少有效的溝通途徑，許多進(jìn)出口食品安全工作在某種程度上得不到地方政府的足夠重視和相關(guān)部門(mén)的大力支持，導(dǎo)致問(wèn)題得不到及時(shí)解決。
2主動(dòng)預(yù)防食品安全質(zhì)量事件發(fā)生的能力不足
隨著食品進(jìn)出口量的不斷擴(kuò)大和國(guó)外要求項(xiàng)目不斷增加，檢驗(yàn)檢疫工作量大幅增加，傳統(tǒng)的批批檢、項(xiàng)項(xiàng)檢模式已不能適應(yīng)外貿(mào)發(fā)展的需要，面對(duì)這樣的困境，這對(duì)我國(guó)出入境部門(mén)預(yù)防進(jìn)出口食品安全的能力是個(gè)極大的挑戰(zhàn)。在突如其來(lái)的食品安全事件發(fā)生時(shí)由于經(jīng)驗(yàn)還是有所欠缺而常常處于“被動(dòng)應(yīng)付”，對(duì)一些食品安全事件發(fā)生還難以做到及早發(fā)現(xiàn)和消除隱患，國(guó)外通報(bào)仍常有發(fā)生。另一方面，我國(guó)出口食品受到農(nóng)獸藥殘留、毒素、微生物以及添加劑等影響，出口食品安全問(wèn)題屢見(jiàn)不鮮，從而導(dǎo)致我國(guó)食品的國(guó)際聲譽(yù)受到影響。
3進(jìn)出口食品企業(yè)的質(zhì)量主體缺失
檢驗(yàn)檢疫人員承擔(dān)了一些本屬于企業(yè)的責(zé)任。部分進(jìn)出口食品企業(yè)質(zhì)量安全意識(shí)淡薄，不知標(biāo)準(zhǔn)、不懂標(biāo)準(zhǔn)或不用標(biāo)準(zhǔn)，自檢、自控水平不高，對(duì)國(guó)內(nèi)外尤其是國(guó)外的相關(guān)安全衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)缺乏了解。同時(shí)，內(nèi)部產(chǎn)品質(zhì)量控制體系不健全，如沒(méi)有切實(shí)落實(shí)產(chǎn)品質(zhì)量首責(zé)，源頭問(wèn)題依然較為突出，產(chǎn)品質(zhì)量難以保障。部分出口企業(yè)甚至通過(guò)報(bào)甲出乙、擅自更改目的地等手段，將未經(jīng)檢驗(yàn)檢疫合格的食品出口，現(xiàn)已成為不合格食品流出國(guó)門(mén)的重要渠道。更嚴(yán)重的個(gè)別企業(yè)則唯利是圖、社會(huì)責(zé)任缺失，違例使用國(guó)家禁止使用的物品、濫用準(zhǔn)許使用的藥品、使用非食品添加劑等。這些都沒(méi)有切實(shí)落實(shí)產(chǎn)品質(zhì)量安全主體責(zé)任人的責(zé)任。
4檢驗(yàn)檢疫部門(mén)現(xiàn)有人員、技術(shù)難以滿(mǎn)足工作需要
為確保出口產(chǎn)品質(zhì)量安全，擴(kuò)大產(chǎn)品出口，在嚴(yán)峻的形勢(shì)下，檢驗(yàn)檢疫部門(mén)深入種植、養(yǎng)殖源頭，實(shí)施備案監(jiān)督管理，檢驗(yàn)檢疫人員除了要對(duì)出口企業(yè)加工過(guò)程進(jìn)行監(jiān)管外，還要對(duì)種植、養(yǎng)殖、飼料、藥物進(jìn)行監(jiān)管，不僅需要大量人力、物力，而且對(duì)監(jiān)管人員的能力也提出了更高要求，實(shí)際難以監(jiān)管到位。而隨著食品進(jìn)出口數(shù)量的增加，檢驗(yàn)檢疫部門(mén)工作量大幅增加，將導(dǎo)致人力不足，而未能及早發(fā)現(xiàn)食品安全事件，只能是出現(xiàn)問(wèn)題后被動(dòng)應(yīng)付。與此同時(shí)，因檢驗(yàn)檢疫部門(mén)往往需要參與源頭管理，對(duì)加工過(guò)程的監(jiān)管力度有不斷弱化跡象，那么在人員、檢測(cè)技術(shù)上已難以滿(mǎn)足無(wú)限延伸的工作需要。
從另一個(gè)角度來(lái)看，檢驗(yàn)檢疫部門(mén)是由于承擔(dān)了過(guò)多不必要的職責(zé)，才導(dǎo)致檢驗(yàn)檢疫部門(mén)人員、技術(shù)難以滿(mǎn)足工作需要。特別是在當(dāng)前我國(guó)初級(jí)農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)整體水平較低，而相關(guān)職能部門(mén)又沒(méi)有主動(dòng)承擔(dān)起初級(jí)農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)環(huán)節(jié)的監(jiān)管責(zé)任，總是在檢驗(yàn)檢疫部門(mén)的推動(dòng)下開(kāi)展工作，而為了解決制約當(dāng)前食品、農(nóng)產(chǎn)品出口農(nóng)獸藥殘留瓶頸問(wèn)題，檢驗(yàn)檢疫部門(mén)往往存在過(guò)多參與源頭管理，包攬?jiān)腺|(zhì)量安全責(zé)任的情況。
5技術(shù)法規(guī)和標(biāo)準(zhǔn)滯后
建立在科學(xué)和風(fēng)險(xiǎn)分析基礎(chǔ)上的食品安全標(biāo)準(zhǔn)體系，是實(shí)施進(jìn)出口食品安全管理工作、促進(jìn)國(guó)際食品貿(mào)易發(fā)展的技術(shù)基礎(chǔ)和保障。我國(guó)的食品質(zhì)量安全標(biāo)準(zhǔn)由產(chǎn)品質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)、技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)和基礎(chǔ)標(biāo)準(zhǔn)組成，以法律和管理?xiàng)l例的形式發(fā)布的，在促進(jìn)食品工業(yè)的發(fā)展
和保護(hù)消費(fèi)者健康方面發(fā)揮了巨大作用。但隨著社會(huì)的發(fā)展變化，也暴露出了越來(lái)越大的漏洞，表現(xiàn)為： （1） 食品質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)重疊、混亂，缺乏權(quán)威。我國(guó)有關(guān)食品的標(biāo)準(zhǔn)制定有若干套體系。衛(wèi)生部門(mén)制定衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)，質(zhì)檢部門(mén)負(fù)責(zé)制定產(chǎn)品質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)和所有標(biāo)準(zhǔn)的審批，各行業(yè)主管部門(mén)也有權(quán)制定本行業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)。生產(chǎn)者是否執(zhí)行標(biāo)準(zhǔn)，行業(yè)主管部門(mén)、質(zhì)量部門(mén)、衛(wèi)生部門(mén)往往都要監(jiān)督。關(guān)于食品安全問(wèn)題，國(guó)內(nèi)的法規(guī)有很多出發(fā)點(diǎn)不同，標(biāo)準(zhǔn)也不同。（2） 食品質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)與國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)接軌不夠，許多有關(guān)食品安全的標(biāo)準(zhǔn)標(biāo)齡過(guò)長(zhǎng)，缺乏科學(xué)性和可操作性，在技術(shù)內(nèi)容方面與WTO 有關(guān)協(xié)定和食品法典委員會(huì)（AC） 標(biāo)準(zhǔn)存在較大差距。發(fā)達(dá)國(guó)家采用國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)已達(dá)到80%以上，日本達(dá)90%以上，我國(guó)的國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)只有40 %左右等同采用或等效采用了國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)，食品行業(yè)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)的采標(biāo)率只有20 %。近年來(lái)，我國(guó)出口食品屢屢被退回，其中有技術(shù)貿(mào)易壁壘的原因，但更深層次的原因還是我國(guó)的食品質(zhì)量安全達(dá)不到國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)。（3） 食品質(zhì)量安全標(biāo)準(zhǔn)存在許多空白點(diǎn)，不能適應(yīng)迅速發(fā)展的食品產(chǎn)業(yè)。在目前我國(guó)頒布的兩萬(wàn)多項(xiàng)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)中，農(nóng)業(yè)方面的標(biāo)準(zhǔn)只占10 %左右。以蔬菜為例，從蔬菜商品標(biāo)準(zhǔn)化和蔬菜流通現(xiàn)代化來(lái)講，凡是進(jìn)入市場(chǎng)的各種蔬菜都應(yīng)納入制定標(biāo)準(zhǔn)的范圍，但是，在我國(guó)常用的12大類(lèi)89 種蔬菜中，制定出新鮮蔬菜質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的卻不足20 種，至于采納國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)的更是鳳毛麟角。此外，在老百姓特別關(guān)注的常用食品質(zhì)量問(wèn)題，如肉制品、豆制品、面制品、水產(chǎn)品等方面還存在空白。 
