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保健酒在釀制過程中添加了中藥材或其他營養成分，它是藥酒的分支，卻不以治療為目的，它含有的不同功效成分，使其具有抗疲勞、抗衰老、健脾胃和提神醒腦等保健功能，紅曲霉因具有較強的糖化力和藥食同源性，不僅為酒液增色增香，其代謝活性成分也有調節機能，滋補養生等功效，被廣泛用于生產紅曲保健酒。
姜忠麗則利用紅曲霉發酵糙米酵素和大米，成功研制出具有抗疲勞功能的糙米酵素紅曲酒，通過測試得到氧自由基清除率達12.69%；蒲立檸等利用紫色紅曲霉經過固態發酵青稞麩皮和薏仁，釀制出Monacolin K含量為110.556 mg/kg的新型紅曲保健酒，為高原青稞的副產物綜合利用提供了新思路。
另有研究者利用自制紅曲發酵糯米、枸杞，研制出口感醇厚，Monacolin K含量達120 mg/L，乙醇體積分數為12.6 %的紅曲枸杞保健酒；李謠等研制的苦蕎紅曲保健酒，酒體均勻、酒味醇和，總酚含量2 243.01μg /mL，總黃酮含量928.18 μg/mL，還含有17種氨基酸，總量達2 481.48 mg /L；黃丹丹等人分析對比了苦蕎紅曲保健酒與普通黃酒抗氧化活性，表明前者對DPPH自由基、ABTS自由基的清除能力及對Fe3+還原能力均強于后者。
上述關于紅曲霉在保健酒中的應用研究，大多是從已知的生理活性產物入手，忽略了未知功能物質的挖掘，若采用傳統的分離純化手段研究純菌，同時利用蛋白組學和代謝組學等方法研究純種紅曲霉的代謝特性，可能會發現紅曲霉更多獨特的功能性代謝成分；其次，釀造保健酒所用原料的產地、品種不同，造成酒的質量參差不齊，為提高保健酒的質量及品質穩定性，必須對原料的來源和質量進行嚴格地控制；此外，保健酒的釀造工藝也需要得到持續改進與提升，出酒率和有效成分含量提高的同時，生產成本也能降低，以此深入推進我國保健酒產業優質高效發展。
