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一、在實施生產許可時，對于沒有相對應實施細則的食品品種，允許地方市場監督管理部門制定生產許可審查方案的規定。
二、特殊食品申請材料方面，對應當提交注冊或備案的文件進行了細化、明確。
三、許可受理時限方面，將原條款中“即時”明確為具體工作時限。
四、進一步細化了食品生產企業對產品進行自檢或者委托檢驗的具體要求。
五、對低風險食品實行告知承諾制許可作出了相關規定。
六、結合具體條文修改情況，相對應地調整了法律責任中相關條款內容。
七、結合《市場監督管理行政許可程序暫行規定》（國家市場監督管理總局令第16號），對食品生產許可的注銷、撤銷、吊銷程序規定進行了修訂。
八、針對個別地區行政審批局承擔生產許可工作的情況，對具體工作銜接制度以及對獲證企業的監管分工作出了規定。
征求意見中，有企業、監管部門和熱心群眾分別對《食品生產許可管理辦法（征求意見稿）》中的部分條款提出了修改意見，其中一些意見未予采納。主要原因是各方思考問題的出發點不同，以及對部分條款沒有結合上下文語義進行理解。對此，我們將結合近幾年監管工作實踐，編寫條文釋義進行解讀，尤其是結合未采納的意見和建議對相關條款詳細解讀。
按照總局關于《國家市場監督管理總局規章制定程序規定》要求，食品生產司會同特殊食品司對《辦法（征求意見稿）》進行了修改完善，并將按程序提交總局法規司進行審查，后續將依據相關規定完成后發布實施。
