將噬菌體基因組和質粒等整合到其他的染色體的過程。也稱為整合。在原噬菌體的插入過程中，一般需要由噬菌體侵染而形成的特殊的交換機制，在這個機制作用下，噬菌體基因組中的特殊結構部分（附著部位）與寄主染色體上某個特殊結構之間相互發生交換，從而使噬菌體基因組全部插入到寄主的染色體中。