黃芪病害地上部有白粉病、褐斑病和銹病，地下部有立枯病、紫紋羽病、白絹病和根腐病等。其中發生普遍、為害最重的是白粉病、銹病和紫紋羽病。
白粉病：主要為害葉片，也可侵染葉柄、莖和莢果。每年5～6月開始發病，9～10月發病率可達100%。
防治方法，徹底清除病殘體，注意株間通風透光，選用新茬地種植，避免與豆科植物連作及在低洼潮濕地塊種植。施肥應以農家肥為主，化肥氮、磷、鉀的比例應合理搭配。發病前或發病初期應進行藥劑防治。可用62.25%仙生600倍液、25%粉銹寧800倍液、70%甲基托布津800倍液或50%多菌靈600倍液噴霧，也可噴波美0.3度石硫合劑。7～10天噴施1次，連噴3～4次即可。
銹病：主要為害葉片。6～7月為盛發期。田間種植密度過大、氮肥過多、高濕多雨有利發病。
防治方法，選擇排水良好、向陽坡、土質深厚的砂壤土種植。徹底清除田間病殘體，降低越冬菌源基數。發病初期可用25%粉銹寧600～800倍液、62.25%仙生600倍液、80%代森錳鋅600～800倍液噴霧，或用敵銹鈉噴霧防治。
紫紋羽病：主要為害1年生以上的植株根部。發病從小根開始，逐漸向主根蔓延，以8～9月癥狀最為顯著。
防治方法，紫紋羽病菌在土壤中能存活多年，寄主范圍又廣，不易根除。防治上主要是加強栽培管理，進行土壤消毒。每667平方米施石灰100公斤以中和土壤酸性，防病效果良好。發現病株立即清除銷毀。用70%甲基托布津1000倍液、50%苯來特1000～2000倍液或多菌靈等藥液澆灌。病土處理可施用石灰氮(20～25公斤/667平方米)消毒，但必須早期(2周前)耕翻入土壤中，使其有效成分氰氨分解成尿素后才可種植。
白粉病：主要為害葉片，也可侵染葉柄、莖和莢果。每年5～6月開始發病，9～10月發病率可達100%。
防治方法，徹底清除病殘體，注意株間通風透光，選用新茬地種植，避免與豆科植物連作及在低洼潮濕地塊種植。施肥應以農家肥為主，化肥氮、磷、鉀的比例應合理搭配。發病前或發病初期應進行藥劑防治。可用62.25%仙生600倍液、25%粉銹寧800倍液、70%甲基托布津800倍液或50%多菌靈600倍液噴霧，也可噴波美0.3度石硫合劑。7～10天噴施1次，連噴3～4次即可。
銹病：主要為害葉片。6～7月為盛發期。田間種植密度過大、氮肥過多、高濕多雨有利發病。
防治方法，選擇排水良好、向陽坡、土質深厚的砂壤土種植。徹底清除田間病殘體，降低越冬菌源基數。發病初期可用25%粉銹寧600～800倍液、62.25%仙生600倍液、80%代森錳鋅600～800倍液噴霧，或用敵銹鈉噴霧防治。
紫紋羽病：主要為害1年生以上的植株根部。發病從小根開始，逐漸向主根蔓延，以8～9月癥狀最為顯著。
防治方法，紫紋羽病菌在土壤中能存活多年，寄主范圍又廣，不易根除。防治上主要是加強栽培管理，進行土壤消毒。每667平方米施石灰100公斤以中和土壤酸性，防病效果良好。發現病株立即清除銷毀。用70%甲基托布津1000倍液、50%苯來特1000～2000倍液或多菌靈等藥液澆灌。病土處理可施用石灰氮(20～25公斤/667平方米)消毒，但必須早期(2周前)耕翻入土壤中，使其有效成分氰氨分解成尿素后才可種植。