有科學家認為，咖啡較粗纖維性食物而言是一種更迅速而溫和的導瀉劑，它對至少1／3的人有效，女性更為明顯。咖啡的有效成分并不是咖啡因，而是一種快速的“體液激素”或神經遞質機制。實驗發現，飲任意一種咖啡后僅4分鐘，大腸的運動即開始加強，這種促使胃腸蠕動的作用在清晨最強，在夜晚時則變得很弱。
　　
　　也有不少常喝含咖啡因飲料的成年人受便秘困擾。學者們的解釋是：由于過于頻繁的刺激，胃腸道已經失去了對胃腸動力因子的敏感性。