蘑菇栽培中的雜菌主要有綠色木霉、曲牢等，是制種及熟料生產中最為常見的雜菌之一。該類霉菌性喜高溫、潮濕環境。預防可用“百病去無蹤”徹底對菇棚進行消殺處理。發菌及出菇期間每5天左右噴灑一次殺菌藥物，生產中可將“百病去無蹤”和“蘑菇殺病靈”交替使用。

對已經發生污染的菇棚，打開全部通風口及進出口加強通風，同時噴灑“百病去無蹤”，然后再處理污染菌袋。對斑點性污染，采取100倍“消霉王”溶液注射殺滅措施，如雜菌孢子系從基料內萌發則提高濃度至50倍左右，并深插針頭，使藥液自內向外滲出，殺滅效果可達100％，對斑塊性污染亦可采取注射藥物的方法，但應加大藥量。溶液注射殺滅應注意，針頭插入點應在污染點的偏上方，斜向插入并注射后，使污染點處靠近地面。連片性污染難以注射藥物時，可將污染處塑膜切開十字口，掀開塑膜，涂刷藥液，這只適應基料表面萌發的雜菌，并須早發現。否則，可直接撒藥粉，然后將塑膜歸位，其殺滅效果良好。對菌袋50％左右面積的污染，可視情況靈活處理，如食用菌苗絲已發至大半以上，即基料已經被菌絲相連，可去除塑袋，對配150倍“消霉王”溶液予以浸洗菌柱，然后覆蓋塑膜予以發菌培養；如污染發生偏重、食用菌菌絲數量較少，可對菌袋縱向切開3至5條口，松動塑膜后浸洗，時間稍長一些，然后靜置發菌。

若是大面積發生污染、污染時間超過15天、污染菌袋占到70％左右時，則該批菌袋幾乎無保留價值，將菌袋全部清理出棚后，有兩個處理辦法:①搭設遮陽棚，進行正常的消殺處理后，將未污染或污染較輕的菌袋進行藥物處理，置于遮陽棚下發菌培養，將失去培養價值的直接漚肥；②將污染袋進行倒料，趁晴好天氣，按干料重的 2％加入石灰粉，拌勻后予以曬干，作為熟料栽培或發酵料栽培原料。清棚后，徹底清理衛生，間隔2天連續噴灑2遍“百病去無蹤”，并揭掉草苫等覆蓋物，關閉所有通風孔及進出口，予以悶棚處理，經2天左右高溫悶棚，即可達到較理想的雜菌殺滅效果，然后即可重新進袋培養。