荸薺貯藏最適溫度為0－－2℃，相對濕度98－－100%。貯藏方法有兩種。

窖貯法。挖長、寬各100厘米，深80－－100厘米，底略寬的地窖，將食用荸薺鋪入窖內，每放20－－25厘米厚的球莖，上撒0.5－－1.0厘米干細土一層，以吸收球莖中散出的水分。如此一層層堆積，至窖口20－－25厘米時，其上鋪干細土封口，每窖貯放400－－500千克。舊窖使用前，應噴灑1%福爾馬林溶液，密閉一晝夜消毒，后敞開揮發一周，方可入窖貯藏。

堆藏法。將荸薺堆積在地面上，四周用窩席圍住，窩席外用河泥涂抹，堆上蓋土或稻草，并涂泥封頂。堆貯體積，根據藏量而定，堆藏方法與窖藏一樣，一般高度不超過100厘米。