芝麻的安全儲藏主要取決于水分和溫度。據經驗，芝麻水分在7%以下，雜質不超過1%,堆高2米，糧溫較低的條件下，可以安全過夏；水分不超過8%時，在秋、冬季能做短期儲存，但開春后應抓緊降水。但種用芝麻的水分必須在7%以下，糧溫以25℃以下為好，最高不要超過30℃。

    芝麻容易發生印度谷蛾、粉斑螟等蛾類及書虱和螨類等害蟲的為害。農村少量的芝麻在3月份以前，可風晾一次后利用缸、壇、箱、柜低溫密閉儲藏，也可用草木灰壓蓋保管。這樣不僅防蟲效果明顯，而且對保持芝麻的含油量、出油率和油脂品質都有良好效果。