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1.樣品均質和系列稀釋必須保證均勻
MPN法樣品均質和稀釋液混勻非常重要。MPN法的兩點假設之一是“微生物在完全混勻的稀釋液里隨機分布”。混勻不充分，就滿足不了MPN法統計的基礎，從而不能獲得準確的結果。
2.試管各稀釋度接種完全
通常，實驗室按照3管接種系統來進行MPN檢測，即每個稀釋度接種3管。然而，往往由于樣品中細菌數量比較低，陽性管數很少，很多檢測人員為圖省事僅接種前2個稀釋度。這種做法是十分錯誤的，僅按照前兩個稀釋度的結果是沒法獲得MPN結果的。3個稀釋度中，低的稀釋度并不一定比高的稀釋度陽性管數多。不管前2個稀釋度的結果如何， 一個稀釋度的結果都是沒法預測的。因此，在實際工作中，即便預先估計樣品中細菌濃度很低， 9支試管也必須全部接種。
另外，要盡可能多接種幾個稀釋度，杜絕出現全部稀釋度都為陽性的情況，最好能保證結果中包含全陽性或全陰性的稀釋度。
3.對接種量和培養基量需要正確理解
接種量是MPN法成功與否的關鍵，一方面接種量要適當以便于出現全陽性和全陰性的稀釋度，另一方面接種量必須準確。MPN表和MPN計算公式都是和接種量密切相關的。而培養基的體積是多少并不重要，只要接種后培養基濃度接近正常濃度(單倍濃度)就可以了。通常接種稀釋液的體積是1 mL,這個體積必須準確，而培養基的量是10 mL還是9mL都無所謂。常有人將MPN接種與平板計數稀釋混淆，以為必需1 mL稀釋液接種到9 mL培養基中。
4.確證后的試管才能計做陽性管
有的MPN法需要多步才能完成可疑菌的確證。只有最終確定為陽性的管才能計數為陽性管。如果沒有完成確證步驟，把中間步驟的陽性管計做陽性，就會獲得偏高的檢測結果。
5.正確理解MPN計數的檢測限和精密度
MPN表中最低結果通常表示為“<3/g( mL)"或“<30/100 g(mL)",因此很多檢測人員認為MPN法的最高檢測限只能達到“3/g(mL)"或“30/ 100 g(mL)" 。
只要調整接種的樣品量， MPN法可以檢測任何濃度的樣品。例如， 3管法按等體積接種雙料肉湯，就能將固體樣品的檢測限提高到“0.3/g"。但是， MPN法是根據概率估計去推算結果，與平板計數直接計數法比起來結果的精密度要差一些。因此，實際工作中MPN法常用于污染水平低的樣品的檢測，污染水平低的樣品靠平板計數等直接計數方法是不易檢測的，尤其是對于固體樣品污染水平低于10 CFU/g時。
調整接種的樣品量還可以采取提高每個稀釋度的管數的方法，還能提高MPN法的精密度，獲得和平板計數相當(每個稀釋度接種10管)甚至更高的精密度(每個稀釋度接種10管以上).由于增加每個稀釋度的管數導致工作量急劇增加，因此這種做法一般都采用單稀釋度接種系統，用來檢測低濃度的樣品。
6.陽性管數組合檢索不到的情況處理
有的檢測人員檢索MPN表時發現，有的陽性管數組合檢索不到，例如，"0-0-3",遇到這種情況不知該如何處理。
在以前的MPN法檢測標準里， MPN表中包含所有的陽性管數組合(3管法包括4x4 x4=64組),甚至包括“0-0-3"這樣幾乎不可能出現的組合。事實上，我們應該對這種結果持高度懷疑態度，應棄用這種結果，重新檢測。因此，在新的MPN法檢測標準里去掉了這些幾乎不可能出現的組合。例如， GB 4789.3-2016 《食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸菌群計數》僅包括40組陽性管數組合。
7. MPN值需要正確理解
MPN值是基于統計的估計結果， MPN值是可能性最大的一個估計值，其95%置信區間有95%的可能包括真實結果。結果報告的MPN值要結合95%置信限來理解， MPN結果實際上是一個結果分布。
以下面一個例子來理解MPN結果。
【例4-3】 GB 4789.3-2016 中表B. 1接種量0. 1 g、0.01 g和0.001 g對應的陽性管數2、 2、0。產品限值是“<20 MPN/g"。此產品合不合格?
查表得MPN值為“21 MPN/g",其上、下95%置信限分別為“42 MPN/g"和“4.5 MPN/g"。即每克樣品中21個大腸菌群，有95%的可能結果分布在每克4.5 (下限)個至42個(上限)之間。換句話說，接種量0.1g、0.01 g和 0.001 g對應的陽性管數2、2、0的100次檢測中，有95個結果在每克4.5個至42個之間，其中每克21個的結果次數最多。
繪制圖4-9幫助理解。
8.MPN計數結果與平板計數結果孰高孰低
與平板計數法相比，有人說MPN計數偏高，也有人說MPN計數偏低。其實兩者的高低并不是絕對的，而是與所用的培養基選擇性密切相關。當MPN法的培養基選擇性差，更多的非目標菌會被誤當作陽性結果，計數容易偏高；當MPN法的培養基選擇性高，低濃度的目標菌生長不起來，計數就容易偏低。
