其中大腸菌群和霉菌等指標超標，占到不合格食品比例近三分之一。

1、大腸菌群

大腸菌群，它不代表某一個或某一屬細菌，而指的是具有某些特性的一組與糞便污染有關的細菌。

大腸菌群都是直接或間接地來自人和溫血動物的糞便。一般食品中大腸菌群超標，表示食品受動溫血動物的糞便污染，其中典型大腸桿菌為糞便近期污染，其他菌屬則可能為糞便的陳舊污染。

人吃了大腸菌群超標的食物可能會導致：腸道傳染病、食物中毒等。

2、霉菌

霉菌，是絲狀真菌的俗稱，意即"發霉的真菌"，它們往往能形成分枝繁茂的菌絲體，但又不像蘑菇那樣產生大型的子實體。在潮濕溫暖的地方，很多物品上長出一些肉眼可見的絨毛狀、絮狀或蛛網狀的菌落，那就是霉。
霉菌在我們的生活中無處不在，它比較青睞于溫暖潮濕的環境，一有合適的環境就會大量的繁殖，必須采取措施來阻止霉菌的繁殖或切斷其傳播途徑，就可以擺脫霉菌的污染。
霉菌毒素對人主要毒性表現在神經和內分泌紊亂、免疫抑制、致癌致畸、肝腎損傷、繁殖障礙等。

3、酵母

酵母是一些單細胞真菌，并非系統演化分類的單元。是子囊菌、擔子菌等幾科單細胞真菌的通稱，一般泛指能發酵糖類的各種單細胞真菌，有的為致病菌。空氣中、人體中都存在一定數量的酵母菌，只要在合適的環境就會快速繁殖；吃了酵母菌污染的食品易造成食物中毒，有些免疫力低的人群亦可能發生酵母菌感染。

4、金黃色葡萄球菌

金黃色葡萄球菌是人類的一種重要病原菌，隸屬于葡萄球菌屬，有“嗜肉菌"的別稱，是革蘭氏陽性菌的代表，可引起許多嚴重感染。
金黃色葡萄球菌在自然界中無處不在，空氣、水、灰塵及人和動物的排泄物中都可找到。因此，食品受到污染的機會很多。美國疾病控制中心報告，由金黃色葡萄球菌引起的感染占第二位，僅次于大腸桿菌。
金黃色葡萄球菌是人類化膿感染中最常見的病原菌，可引起局部化膿感染，也可引起肺炎、偽膜性腸炎、心包炎等，甚至敗血癥、膿毒癥等全身感染。

5、沙門氏菌

沙門氏菌是一種常見的食源性致病菌。沙門氏菌屬有的專對人類致病，有的只對動物致病，也有對人和動物都致病。沙門氏菌病是指由各種類型沙門氏菌所引起的對人類、家畜以及野生禽獸不同形式的總稱。
感染沙門氏菌的人或帶菌者的糞便污染食品，可使人發生食物中毒。據統計在世界各國的種類細菌性食物中毒中，沙門氏菌引起的食物中毒常列榜首。
沙門氏菌主要污染肉類食品，魚、禽、奶、蛋類食品也可受此菌污染。沙門氏菌食物中毒全年都可發生，吃了未煮透的病、死牲畜肉或在屠宰后其他環節污染的牲畜肉是引起沙門氏菌食物中毒的最主要原因。
由沙門氏菌引起的食品中毒癥狀主要有惡心、嘔吐、腹痛、頭痛、畏寒和腹瀉等，還伴有乏力、肌肉酸痛、視覺模糊、中等程度發熱、躁動不安和嗜睡，延續時問2～3d，平均致死率為4.1%。

6、志賀氏菌

志賀氏菌即通稱的痢疾桿菌。痢疾賀志賀氏菌是導致典型細菌痢疾的病原菌，在敏感人群中很少數量的個體就可以致病。
志賀氏菌食物中毒是指由志賀氏菌引起的細菌性食物中毒。引起食物中毒的志賀氏菌主要是宋內氏志賀菌。主要發生在夏秋季，引起中毒的食品主要是熱肉制品等。
志賀氏菌侵入腸粘膜組織并釋放內毒素引起癥狀。潛伏期一般10-14h。癥狀為劇烈腹痛、腹瀉（水樣便，可帶血和粘液）、發熱、里急后重顯著。嚴重者出現痙攣和休克。

7、溶血性鏈球菌

溶血性鏈球菌又稱沙培林,對熱和化學清毒劑均敏感，常引起扁桃體、咽部、中耳等感染。亦為腎盂腎炎、產褥熱、猩紅熱的病原體。
一般來說，溶血性鏈球菌常通過以下途徑污染食品：
1、食品加工或銷售人員口腔、鼻腔、手、面部有化膿性炎癥時造成食品的污染；
2、食品在加工前就已帶菌、奶牛患化膿性乳腺炎或畜禽局部化膿時，其奶和肉尸某些部位污染；
3、熟食制品因包裝不善而使食品受到污染。

溶血性鏈球菌常可引起皮膚、皮下組織的化膿性炎癥、呼吸道感染、流行性咽炎的爆發性流行以及新生兒敗血癥、細菌性心內膜炎、猩紅熱和風濕熱、腎小球腎炎等變態反應。

8、李斯特菌

李斯特菌，又名單核球增多性李斯特菌、李氏菌，是一種兼性厭氧細菌，為李斯特菌癥的病原體。李斯特菌是革蘭氏陽性菌，屬厚壁菌門，取名自約瑟夫•李斯特。它主要以食物為傳染媒介，是最致命的食源性病原體之一。

李斯特菌在環境中無處不在，在絕大多數食品中都能找到李斯特菌。肉類、蛋類、禽類、海產品、乳制品、蔬菜等都已被證實是李斯特菌的感染源。
李斯特菌感染后健康成人個體可出現輕微類似流感癥狀，新生兒、孕婦、免疫缺陷患者表現為呼吸急促、嘔吐、出血性皮疹、化膿性結膜炎、發熱、抽搐、昏迷、自然流產、腦膜炎、敗血癥直至死亡。

9、大腸埃希菌

大腸埃希菌是人和動物腸道中的正常棲居菌。大腸埃希菌的致病物質之一是血漿凝固酶。根據致病性的不同，致瀉性大腸埃希菌被分為產腸毒素性大腸埃希菌、腸道侵襲性大腸埃希菌、腸道致病性大腸埃希菌、腸集聚性黏附性大腸埃希菌和腸出血性大腸埃希菌5種。
常見中毒食品為各類熟肉制品、冷葷、牛肉、生牛奶，其次為蛋及蛋制品、乳酪及蔬菜、水果、飲料等食品。中毒原因主要是受污染的食品食用前未經徹底加熱。中毒多發生在3、9月。
不同的致瀉性大腸埃希菌引起的中毒，癥狀各不相同。
①、產腸毒素性大腸埃希菌可引起水樣腹瀉、腹痛、惡心、低熱。
②、腸道侵襲性大腸埃希菌的可引起發熱、劇烈腹痛、水樣腹瀉、糞便中有少量粘液和血。
③、腸道致病性大腸埃希菌可引起發熱、不適、嘔吐、腹瀉、糞便中有大量粘液但無血，有約20%患者由呼吸道癥狀，感染的癥狀通常比較嚴重。
④ 腸集聚性黏附性大腸埃希菌可引起成年人1-2天中度腹瀉，嬰幼兒2周以上持續性腹瀉。

⑤、腸出血性大腸埃希菌可引起突發性的腹部痙攣、腹瀉；有些病人由水樣便，轉為血性腹瀉，腹瀉次數有時可達10多次，低熱或不發熱；許多病人同時有呼吸道癥狀。可發展為溶血性尿毒綜合征和血栓性血小板減少性紫癜等多器官損害。老人和兒童患者死亡率很高。
10、副溶血性弧菌

副溶血性弧菌，為革蘭氏陰性桿菌，呈弧狀、桿狀、絲狀等多種形狀，無牙孢。
進食含有該菌的食物可致食物中毒，也稱嗜鹽菌食物中毒。臨床上以急性起病、腹痛、嘔吐、腹瀉及水樣便為主要癥狀。副溶血性弧菌是一種海洋細菌，主要來源于魚、蝦、蟹、貝類和海藻等海產品。此菌對酸敏感，在普通食醋中5分鐘即可殺死；對熱的抵抗力較弱。

11、肉毒桿菌

肉毒桿菌是一種生長在缺氧環境下的細菌，在罐頭食品及密封腌漬食物中具有極強的生存能力，是毒性最強的細菌之一。肉毒桿菌是一種致命病菌，在繁殖過程中分泌肉毒毒素，該種毒素是目前已知的最劇毒物，可抑制膽堿能神經末梢釋放乙酰膽堿，導致肌肉松弛型麻痹。
肉毒桿菌在自然界分布廣泛，土壤中常可檢出，偶亦存在于動物糞便中。
人體的胃腸道是一個良好的缺氧環境，適于肉毒桿菌居住。肉毒桿菌屬于厭氧菌，嚴格厭氧，在胃腸道內既能分解葡萄糖、麥芽糖及果糖，產酸產氣，又能消化分解肉渣，使之變黑，腐敗惡臭。在厭氧環境中，此菌能分泌強烈的肉毒毒素，能引起特殊的神經中毒癥狀，致殘率、病死率極高。
攝食肉毒桿菌的食品可引發食物中毒 ，如 pH>4.6的低酸性罐頭食品(含鐵罐，玻璃罐) 或香腸、火腿 。人感染肉毒桿菌后會出現視覺模糊、呼吸困難、肌肉乏力等癥狀，如病情嚴重可能導致死亡。

12、霍亂弧菌

霍亂弧菌是人類霍亂的病原體,霍亂是一種古老且流行廣泛的烈性傳染病之一。曾在世界上引起多次大流行，主要表現為劇烈的嘔吐，腹瀉，失水，死亡率甚高。屬于國際檢疫傳染病。
人類在自然情況下是霍亂弧菌的唯一易感者，傳播途徑主要是通過污染的水源或未煮熟的食物如海產品、蔬菜經口攝入。居住擁擠，衛生狀況差，特別是公用水源是造成暴發流行的重要因素。
生產中的控制主要是嚴格審核原材料的來源，以及生產工序中的滅菌處理。