農藥殘留微生物降解技術是南京農業大學李順鵬教授領導的研究團隊首創的具有自主知識產權的新型原位生物修復技術。該項目針對農產品以及農業生態環境中農藥殘留嚴重超標、農產品市場競爭力下降的嚴重狀況，通過篩選高效農藥殘留降解菌株，經現代化工業大規模發酵制成菌劑。該菌劑利用微生物所產生的酶類應用于農藥殘留的原位生物修復技術，達到清除土壤、水體、農產品中有機污染物的目的。該項技術解決了物理、化學處理修復難度大，成本高及二次污染的問題。
　　同時，該項目建立了農業環境微生物種質資源庫，篩選到高效安全降解菌株二十多株。菌株性能優越，農藥殘留降解率高達95％～99．8％，菌株本身無毒、無害、無二次污染；有機磷降解菌降解甲基對硫磷的效果達100％。同時，構建了能降解有機氯及有機磷和同時降解3種以上有機磷農藥的降解菌各1株，能同時高效降解甲基對硫磷和呋喃丹農藥的工程菌1株。
　　研究人員還開展了降解菌株的基礎研究，進行了一系列難降解有機化合物代謝途徑與物質循環的研究、降解菌的分子生態學研究、降解性基因的定位與克隆、降解酶基因的表達與酶學研究、基因工程菌的構建與其環境釋放安全性評價、工程菌的穩定表達與高效表達等研究，建立了一整套有毒難降解有機化合物、微生物降解研究的手段與方法，構筑了全面的技術平臺，研究水平處于國際先進水平。同時，該項目還進行了農藥殘留降解菌的生態學研究，采用發光酶基因與綠色熒光蛋白（GFP）標記法研究了農藥降解菌生態效應，這一研究接近國際先進水平。
　　該項目與果蔬鮮切技術、檢測技術等配套技術結合，形成了一套低成本的綠色農產品生產加工體系。目前，該技術在稻米、茶葉、早竹筍和蘆筍等無公害農產品生產應用中取得了顯著的經濟效益和社會效益。