同型不親和性的一種類型，亦稱為整體不親和性。有關花粉親和性的性質，是受產生花粉的孢子體基因型的影響，在柱頭上由于花粉的發芽受到抑制而產生了不親和性。這是由于孢子體中已經產生的物質通過細胞質而影響配子（花粉）的結果。例如把產生花粉的親本的不親和性基因的基因型記為S₁S₂，把特有雌蕊的基因型記為S₁S₃，不論花粉的基因型是S₁還是S₂，在S₁S₃基因型的柱頭上花粉的發芽總是受到抑制。這樣，花粉所表現的性質是由形成花粉的親本基因型也就是孢子體的基因型來決定的；這種現象稱為孢子體不親和性。已知在菊科、十字花科等植物中有這種現象。