在細菌的鑒別和分類中，對其細胞結構或是生理、生化特性進行觀察和測定并不太困難的，多利用下列方法：在各種培養基上的生長狀況；對碳水化合物和蛋白質的利用和分解情況；在DNA中的鳥嘌呤、胞嘧啶的克分子量的百分比；有時還根據血清學的試驗結果等。細菌的屬名和種名都是按命名規則而定的，但認為把全部細菌都按一個分類體系來定名不太合理的意見，愈來愈顯得有說服力。（1）已往在應用上廣為依據的伯杰氏分類手冊第7版（1957年）中，在原生植物門中設置了包括裂殖菌綱、病毒和立克次氏體類的最小生物綱，并將裂殖菌綱分成10目：（i）假單胞菌目；（ii）鞘桿菌目；（iii）生絲微菌目；（iv）真桿菌目；（v）放線菌目；（vi）核衣細菌目；（vii）貝日阿托氏菌目；（viii）粘球菌目；（ix）螺旋體目；（x）枝原體目。（2）在該書第8版（1974年）中雖分作原核生物界的細菌門，但由于加強了該書的便覽性質，因而在其以下等級不再細分，只把全體分作19個部門，在各部門中，只在可能的情況下才把屬編成科和目。（3）所謂細菌類，和其它的真核菌都是構成不同于植物界的另一個菌界（Mycota），從這樣的見解來看，作為原核菌類可放在亞界的位置上。然后，再像真核菌類的分類那樣，把原核菌類大致區分作枝原體類、細菌類、粘細菌類、螺旋體類和放線菌類5個門。其詳細區分可應用伯杰氏分類法。在其中間不包括病毒類。
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