沼肥養分全、肥效高，既能促進微生物的活動，改良土壤，又能改善土壤水、肥、氣、熱狀況和耕作性能，提高地力。但是有的農戶把沼肥全部抽出施用，肥效降低不少。沼肥分上、中、下三層，科學施用，可促進增產增效。

上層是含氮量很高的液體肥料，易被作物吸收和利用，可供小麥、玉米、棉花及蔬菜等作物早期追肥用。施用前應在沼氣池的副池內多存6～7天，降低還原性，或加水稀釋后施用。

中層是糊狀肥，養分含量高，有較豐富的速效氮素、磷素、有機質和腐殖質，肥力較強，適合小麥、玉米、棉花、花生及果樹、蔬菜等中期追肥，能持續快速供給植物生長發育所需要的多種養分，具有促枝葉、壯莖稈、攻子粒的作用。

下層是沼渣肥，含有有機質、腐殖質和礦化的速效磷素、鉀素及微量元素，可作小麥、玉米、棉花、花生及果樹、蔬菜、花卉等的底肥。施用時，將沼渣肥均勻撒在地表，隨犁耕翻入耕作層，經耙后，使沼肥與土壤充分混合。但應注意沼渣肥施用前，從沼氣池中起出后應堆漚15天。