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玉米是天然異花授粉作物，加之生產條件和過程比較復雜，種子發生機械混雜和天然混雜的機會較多。實踐證明，除了認真貫徹安全可靠隔離，規格無誤播種，嚴格去雜去劣，及時徹底去雄，分收單放穗選五項技術外，還必須搞好原種繁育工作，對已經混雜的自交系進行提純復壯，用優質原種有計劃地定期更換生產上的自交系種子，這是保證雜交種子質量的一項根本措施。
下面介紹自交系的提純復壯方法。
一、隔離穗行法(又稱穗系選種法)
此法適用于純度較高的自交系。秋季從繁殖地里選收典型性強、結實飽滿、無病蟲害的優良果穗，來年春天選好隔離地塊，每穗種一壟，出苗后嚴格去雜。抽雄前把混雜或可疑穗行的雄穗全部拔掉，典型穗行里的雜株也要嚴格去雄淘汰，秋收時從選留下來的最典型穗行里，再選長相一致、穗型相似的典型果穗，留作下一年穗系選種用的種穗。從其余選留的典型穗行里淘汰混雜的可疑果穗，然后混合脫粒，供下年大量繁殖或雜交配種用。
穗系選擇過程最好針對幼苗色、抽雄期、花絲色、株高、整齊度、成熟期和病蟲害情況逐行記載，作為秋收時選留或淘汰的依據。
二、一穗傳提純法
為了保持原自交系的優良種性，提高現有自交系的典型性，可采用一穗傳的繁殖方法。鑒于目前不同育種單位的同一個自交系的典型性、配合力等都不盡相同，最好從原育成單位直接引入一個典型穗作為一穗傳原種。
第一年：在一穗傳隔離繁殖區里，把由育成單位引入的典型穗單粒點播，在出苗后開花前注意去雜去劣，再選株套袋自交5穗—10穗，秋后選出一個最好的種穗，留作第二年一穗傳用種，從其余幾百個果穗里，選出50個—100個典型穗，分穗保存，作下年穗行選種用種。
第二年：繼續在一穗傳繁殖區里，單粒點播和選株套袋自交5穗—10穗；在穗系選種繁殖區里，用第一年選留的50個—100個典型穗分行播種，按穗系選種法的要求進行穗行繁殖和選種。秋季從一穗傳繁殖區里選留一個最好的套袋自交典型穗和50個—100個未套袋的典型穗，從穗系選種繁殖區里選收典型穗行里的典型種穗混合脫粒，或按穗行脫粒，分別送給不同單位作為自交系原種繁殖或配種。
第三年：按第二年做法，分別設置一穗傳繁殖區，穗系選種繁殖區和自交系原種繁殖區。分級繁殖，連續選種，可使現有自交系較快地得到純化。
