為預防蔬菜根部病害，菜農常用殺菌劑進行灌根，效果雖然好，但是在灌根時的一些注意事項一定不能忽視，否則有副作用。

一是已使用菌肥的棚盡量不用殺菌劑灌根防病。對于使用菌肥的地，使用后易把菌肥中的生物菌殺死，使菌肥失去肥效。如果作物已發生病害，則必須用殺菌劑灌根，不要再考慮菌肥中生物菌是否受傷，以免因小失大，導致病害爆發。

二是灌根后幾天內棚內勿澆大水。灌藥后立即澆大水，會使藥液濃度降低，影響防效。故在殺菌劑灌根后幾天內盡量別澆大水，若缺水時，可在定植溝內溜一小水，以水面到壟高1/3為宜，注意千萬不要漫過壟面，以免土壤中藥液濃度被稀釋。

三是使用殺菌劑灌根后，一旦出現萎蔫、黃化、停長等藥害癥狀時應及時補救。馬上澆一次水，以稀釋土壤中藥液濃度，及時用生根劑或愛多收或其他促根劑噴淋灌根，對解藥害、恢復植株的長勢效果顯著。