剛收獲的鮮洋蔥含水量較大，貯藏不當就會造成一定的損失。甘肅省慶陽市隴東學院農林系教授黃文君提醒廣大菜農，新采收的洋蔥需在田間攤曬或在室內攤晾，在此條件下，可貯8個月。根據貯藏期長短可選用不同的貯藏方法，如筐貯、垛藏、沙藏、掛藏、冷庫貯藏、氣調貯藏和輻射貯藏等。因洋蔥適應冷涼干燥的環境，要求貯溫保持0℃～1℃，相對濕度低于80%（適宜范圍為65%～70%），才能比較理想地減少貯藏中的損耗，延長貯藏期。

冷藏法 采用冷藏庫貯藏是目前貯藏洋蔥較好的方式，即在8月中下旬洋蔥脫離休眠前將室外蔭棚內用筐或垛貯的洋蔥轉入冷藏庫，用筐裝碼垛貯藏，或裝入編織網袋內架藏，維持庫內溫度0℃～1℃，可以貯藏至次年5月。如冷藏庫內濕度較高，鱗莖常會長出不定根，且腐爛率增高，因此管理上要注意保持相對濕度不要超過80%。

氣調貯藏 先在清理消毒的地窖或地下室內鋪一層規格大于垛底，厚約0.14～0.23毫米的薄膜作帳底，上撒10～15千克消石灰，墊上2～3層磚，在上面碼放木箱，每木箱裝充分干燥的洋蔥17.5千克。木箱可碼成長方形，長6箱，寬4箱，二層共放840千克左右。然后罩上與垛大小相等的薄膜帳子，將帳子與薄膜一起卷起，用磚或土壓緊。帳子四周如有抽氣孔、通風口也要扎緊，這樣構成一個緊閉的貯藏系統。封帳后，垛內洋蔥由于呼吸作用，氧氣逐漸減少，可以達到缺氧貯藏的目的。一般氣調貯藏，帳內氧的含量指標為1%～3%，二氧化碳含量為5%～10%。在貯藏過程中每隔25～30天檢查一次，揀出病爛洋蔥，繼續貯藏。

筐貯法 是將干燥的蔥頭裝筐后貯于蔭棚內，此法只能貯藏至9月，以后便會大量發芽。