番茄猝倒病常發生在幼苗出土后、真葉尚未展開前，病菌侵染后幼苗莖基部發生水漬狀暗色斑，繼而繞莖擴展，逐漸縊縮呈細線狀，使幼苗地上部失去支撐能力倒伏。苗床濕度大時，在病苗及其附近床面上常密生白色菌絲。苗床低溫高濕，幼苗生長緩慢時易發病。

防治方法：（1）采用快速育苗或無土育苗法，做好苗床、穴盤和棚室消毒。加強苗床管理，看苗適時適量通風，避免低溫高濕條件出現，不在陰雨天澆水。（2）苗期噴施0.1％～0.2％磷酸二氫鉀溶液或0.05％～0.1％氯化鈣溶液，提高植株抗病能力。（3）苗床消毒，每平方米苗床用40％五氯硝基苯粉劑9～10克，拌細土4～4.5公斤。播前澆一次透水，水滲下后取三分之一藥土撒在畦面上，播種后覆蓋余下的藥土。也可以在發病前或發病初期用普力克72.2％霜霉威鹽酸鹽水劑400倍液噴淋，每平方米用藥液2～3公斤。（4）及時用藥防治。可用克露72％霜脲·錳鋅可濕性粉劑600倍液，或69%錳鋅·烯酰水分散粒劑1000倍液，或58%甲霜·錳鋅可濕性粉劑500倍液，或75％百菌清可濕性粉劑600倍液噴霧，隔7～10天一次，視病情防治1～2次。