一、容易傷根　因為分苗次數越多，對根系的傷害也就越重，容易造成根系過早老化。

二、形成老化苗　分苗次數過多，根系始終得不到充分擴展，吸收能力較弱，導致幼苗生長因營養供應不足而受到抑制，當幼苗生長受抑制的時間過長，便會形成老化苗。

三、延長育苗期　實踐證明，番茄每分一次苗，由于分苗前的煉苗以及栽苗后的緩苗等原因，培育出同樣大小的番茄苗，育苗時間就要相應延長5～8天，在環境條件不適宜時，延長的時間更長。

四、對番茄苗的其他傷害　如分苗過程中小苗容易受到饑餓傷害；在花芽分化期里進行分苗，會對花芽分化產生不良影響。