動物的糞便加工處理方式多種多樣，有物理方法、 化學方法、微生物發酵法、多種方式綜合法，其洋法與土法、古老與現代并存，各有優劣，應因地制宜。糞便發酵作肥料的傳統老辦法是，讓其自然堆積發酵5~6個月，作飼料也要二十天或一個月左右，這樣臭味散發,既污染環境又造成養分大量流失。而用微生物發酵法處理糞便，不僅能加快發酵過程，縮短發酵時間，防止浪費提高糞便的營養價值；而且能通過發酵產生溫度烘干糞便，節省能耗，成本低廉，操作簡單，易于推廣，因而受到用戶歡迎。本方法適合處理雞糞、豬糞、牛羊糞、鴨糞、鵪鶉糞、兔糞、鴿子糞等動物糞便。

發酵糞便的好處:

原理是通過生物奪氧方式阻止糞便中的病原菌的繁殖；通過產生代謝產物和生理活性物質殺害糞便中的病原微生物，同時發酵過的糞便種產生多種消化酶、提高糞便營養成份的利用率；被微生物分解過的糞便產生有機酸、營養物，還能夠激活糞便中的酶原；菌體本身為動物提供營養；合成消耗維生素；影響氮元素代謝；影響糖類物質代謝；影響脂類物質代謝。經過發酵過的糞便能夠提高動物免疫系統功能，可提高動物機體抗體水平，產生干擾素、免疫球蛋白，激活巨噬細胞的活性。對消化道、呼吸道、細菌、病毒都有一些作用。發酵過的糞便，扭轉了蛋白質的有害轉化，減少了糞便中氨氣等，因而提高了營養物質的利用、也減少了糞便中氨、磷的含量、減少了水體富營養化保證了動物機體、環境良性互動、動態平衡、循環持續健康發展。

發酵糞便的方法

1） 發酵原料：健康新鮮的糞便。

2） 工具：攪拌機；塑料容器或水泥池（或者土坑墊塑料薄膜）；塑料薄膜；粉碎機（普通農用型）；鐵鍬。

3） 發酵菌：農富康糞便發酵劑 。

4） 配比：配方一：干糞便150公斤， 糞便發酵劑1公斤；
 
　　配方二：濕糞便100公斤，麥麩或稻糠或秸稈粉50公斤， 糞便發酵劑菌種1公斤。
 
　　5） 操作規程： ① 將發酵原料按配比準備1000公斤，此為發酵原料待用；
 
　　② 將1公斤農富康糞便分解劑倒入50公斤水中稀釋攪拌均勻，稀釋用水最好為井水或河水，若為自來水請放置24小時后再用；能夠適當的溶解一些紅糖在里面效果更佳。
 
　　③ 如有攪拌機：可以先將糞便混合2分鐘后，再倒入菌種稀釋液攪拌6分鐘；沒有攪拌機：用鐵鍬攪拌按由少到多的原則，即先將菌液稀釋液倒入少量發酵原料中攪拌均勻，直到沒有團塊，然后再將攪拌好的少量發酵原料倒入剩余發酵原料中攪拌均勻，直到沒有團塊；（注意：視發酵原料干濕程度增減稀釋用水水量，稀釋的菌液用水應是發酵原料的40%左右，拌成以手握成團，指縫見水但不滴水珠，松手即散為好。注意：水多了易酸，少了發酵不透。如發酵原料較濕，應減少稀釋的用水量） 。

④ 將混合后的發酵原料放入塑料容器或水泥池（或者土坑墊塑料薄膜）中，最后裝滿壓實，排去空氣后用塑料薄膜密封，一定要完全密閉，適宜溫度為25-35℃，發酵5-10天（一般夏4天，春秋7天，冬10天），注意溫度和時間的掌握，直到沒有臭味含有酒味即為發酵成功。
 
　　糞便發酵后喂養豬方法：
 
　　豬的重量在10公斤--30公斤 糞便喂養10% 飼料90% 。

豬的重量在30公斤--50公斤 糞便喂養20% 飼料80% 。

豬的重量在50公斤以上 糞便喂養30% 飼料70% 。

按照這個比例喂養和全部喂養飼料相比，不影響生長速度。如果喂養一段時間感覺效果不錯，可以適當加量喂養。

糞便發酵后的用途:

1、可以用來養殖魚蝦，不污染水質，既可以作為魚蝦飼料，又可以作肥水產品；
 
　　2、可以用來養殖黃粉蟲、蠅蛆、蚯蚓建立生態養殖模式；

3、可以制作種植、花卉等生物有機肥。

4、發酵動物糞便作為飼料。如雞子糞便喂豬，發酵鴿子糞便養豬等等。