秋季棗果收獲干制后，要進行挑選、分級和包裝，然后置于冷涼、干燥、通風、無鼠害的庫房貯藏。貯藏方法因貯量多少而定。貯量少，可采用缸藏。貯藏前，要對貯藏缸進行消毒處理，然后把干棗放入缸內，上面放少許高濃度白酒，用木板、石板或塑料布密封缸口，干棗即可長期保存。

如果干棗貯量大，可采用席筒貯藏。即把葦席卷成筒狀，把干棗放在席筒內，上面用塑料布封蓋。有的采用紙箱包裝，碼垛貯藏。紙箱質量要好，每箱裝干棗15~20千克。貯藏時在地面支架，把裝好干棗的紙箱，碼垛在支架上，碼垛高度為5~6層。有的采用地面支架，架上鋪放用高梁稈、細竹子制成的箔子，再把干棗堆放在箔子上，堆放厚度1米左右，上面用塑料布封蓋。也可用無毒塑料袋或尼龍袋貯藏，把干棗裝入袋內，放在地面支架上，高度不超過2米，包裝袋規格要統一。

貯藏期間要定期對干棗進行檢查，注意防止霉爛和鼠害。干棗越夏，易發生蛀蟲和霉變，最有效的方法是采用冷庫低溫貯藏，將冷庫溫度控制在10℃以下，并注意保持干燥。貯藏干棗，不論采用那種方法，貯藏后的干棗含水量要符合國家的標準，大紅棗含水量不超過25%，小紅棗含水量不超過28%。