LC-MS是蛋白質表征的強有力工具。反向HPLC/UPLC液相分離和質譜聯用技術是最常用的分離模式，這種分離模式也是蛋白質除鹽的有效方法。生物制品及蛋白質溶液經常儲存在一定鹽離子濃度的緩沖溶液中，如PBS(磷酸鹽緩沖溶液)。這些鹽溶液，能和蛋白質形成加和離子，使數據解析更加復雜，同時，這些鹽類也抑制了ESI-MS分析時的離子化效率。因此，質譜分析之前，蛋白質的非揮發性鹽類的去除是重要的一步。沃特世公司的MassPREPTM 在線脫鹽小柱（2.1X10 mm，Part  number186004032）為客戶提供了簡單易行，快速（小于5分鐘的液相梯度，如圖1），及重現性高的有效脫鹽方法[1]。并成功應用于12KDa~150KDa分子量范圍的完整蛋白質的脫鹽LC-MS分析（如圖2）展示了這種除鹽柱用在細胞色素 C（分子量約12KDa），牛血清白蛋白BSA(分子量約62KDa)，和IgG（分子量約150KDa）的除鹽效果，而且柱容量可高達10微克[2,3,4]。

在蛋白質肽段及寡聚核苷酸的除鹽分析方面，沃特世的OASIS HLB(Hydrophili Lipohilic Balance) 96-孔微洗脫板（Part  number 186001828），是以親水（20%N-乙烯吡咯烷酮）-親脂性（80%二乙烯基苯）共聚體為填料的固相萃取96孔板[5]。乙烯吡咯烷酮使填料

具有水的可浸潤性，二乙烯基苯具有反向保留能力，所以此款產品對酸性和堿性的蛋白質多肽及寡聚核苷酸均具有更高的選擇性和靈敏度-即便填料在吸附過程中干涸也不例外[5]。用此款產品對蛋白質多肽及寡聚核苷酸進行LC-MS/MS分析前的脫鹽處理，可以極大降低LC-MS/MS分析的機制效應，提高檢測靈敏度，而且其pH應用范圍寬至1-146。OASIS HLB96-孔微洗脫板吸附寡聚核苷酸的柱容量從1pmol高至5000 pmol。