原因一：高溫高壓滅菌鍋工作壓力不夠，使氣體不能完全排出。

高壓鍋在滅菌過程中產生的最大壓力不夠，不能將小倒管內的氣體擠出，導致滅菌后任留有小氣泡。此外，高溫高壓滅菌鍋若是溫度上升緩慢或者達不到滅菌溫度，也會出現類似現象。

解決辦法：使用檢查滅菌效果的用品－壓力蒸汽滅菌指示卡，對高溫高壓滅菌鍋的滅菌情況進行監測。

原因二：試管塞塞得太緊。

在滅菌時，試管塞塞得太緊（有些硅膠塞與試管不配套）會導致試管內壓力與滅菌鍋內壓力不一致。當滅菌鍋升溫升壓時，鍋內壓力會大于試管內壓力，試管內壓力不夠，不能將小倒管內氣體排盡，就留有氣泡；當滅菌鍋降溫降壓時，鍋內壓力小于管內壓力，可能會使試管塞和培養基崩出，培養基報廢。

解決辦法：改用塑料帽、不銹鋼管帽，或者與試管相匹配的硅膠塞。

原因三：小倒管口太小。

小倒管在加熱加壓后，一方面液體培養基要進入小倒管，另一方面小倒管內部的空氣要被排出，如果小倒管管口太小，液體不容易進去，里面的空氣不容易被排出，就會導致有小氣泡生成。
解決辦法：改用開口比較大的倒管。

原因四：培養基質量引起。

由培養基質量引起的氣體不能排盡或培養基含有高溫高壓分解產氣的成分。滅菌時用水做培養基組的對照試驗，若培養基組有氣泡，而對照組沒有氣泡，可確定是有此原因引起。

解決辦法：改用其它培養基。

原因五：過早打開滅菌鍋。

當滅菌鍋壓力表示數為0而溫度表示數還高與室溫時，不要打開滅菌鍋。因為打開鍋蓋瞬間，鍋內大量熱量散出，溫度突然降低，試管內溫度也隨著降低，導致管內氣壓減小，沸點降低，部分水會汽化留在小導管內。

解決辦法：等滅菌鍋內氣壓和溫度都降到與室溫一致或相差不大時再打開滅菌鍋。