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在食品工廠實行“微生物管理”，不是探索立即消滅微生物的管理方法，而是先對肉眼看得到的食物進行管理。微生物用肉眼不能直接觀察到，先要調查被微生物污染的物品，從自己身旁考慮。
微生物污染傳播污染的四大媒介為：空氣、水、表面、人
空氣 空氣攜帶著微生物來污染食品。每立方米的空氣中至少含有60萬顆塵粒，同時還存在著大量的微生物，在這樣的空氣條件下進行生產，肯定會污染食品。
因此，要杜絕帶有大量塵埃微粒和微生物的空氣污染食品的有效辦法是對空氣采取過濾和消毒措施。 水 從理論上來講，微生物在純水中是不能生長的。但是，用于生產中，還用于設施、設備清洗中的水，總會含有一定量的可溶性有機物和鹽類。正是這些可溶性的物質可被微生物利用作為它們生長的養料源泉。
當帶有大量塵埃粒子和微生物的水用于生產或清洗設施、設備時，就轉移到食品上面，污染了食品。
因此，我們直接用于食品生產的水必須經過處理，以防止微生物通過水來污染產品。 表面 由于空氣中的濕度，所有車間物體表面（包括天花板、墻壁、地面、設備、容器、工具或桌子）都包上一層含水的薄膜。表面因塵埃微粒和微生物由空氣傳播的回降而受到污染。
我們應該了解：一個看起來很干凈的表面，實際上已經被千百萬個微生物所污染，除非已經做了正確的消毒滅菌。 人 可能大家都不會想到的，人包括我們自己，是一個永不休止的污染媒介。當我們進入食品加工車間，也許將幾百萬細菌隨我們一起帶入車間。 但是，作為車間的衛生管理，質量管理員只是參與監控，而真正的實施在于員工的行動參與。
因此，為了推動微生物管理，有必要讓員工廣泛、深入地認識微生物，使自己的行動自覺地符合“微生物管理型行動”。
1.大腸菌群檢查 自檢的檢查工具。標準檢查法雖然規定了使用的培養基和菌數允許量，但是還需要有“自檢”的簡易方法及檢查工具，并且使用效果要好。被檢的微生物中最初步、最重要的是“大腸菌群”。
“大腸菌群”的存在，簡單地說可能是糞便污染。這種細菌在食品中決不允許。市場上有使用簡單的檢查工具出售。還可借助滅菌棉體對機器、工具、環境、手指等進行檢查。進行自檢時，只要根據“有”、“無”作出“不行’和“行”的判斷。
自己的手指、管路、工具均需檢查，對一天操作結束后的滅菌洗凈狀態也應有一個要求，由于檢查采用了與原料、中間產品、包裝的檢查相同的檢查工具，所以可以逃行比較，容易管理。這些簡易工具完全可檢測大腸菌群，若擴大對金黃色葡萄球菌或一般細菌等檢查則更理想。
2.環境微生物檢查 工廠微生物污染的另一個原因是“環境”。環境微生物的檢查，按正規方法需要設備和較大經費。
但是，調查空氣中微生物，任何工廠都能檢查。
空氣中的微生物的來源有從工廠外攝入空氣中的微生物及工廠內部產生的微生物。
一般用平板計數瓊脂培養基，將培養皿打開一定時間后，進行培養，就可檢查空氣中浮游菌的數目。這種檢查與檢查大腸菌群一樣也可由操作工人自己擔任。
通過自檢，不僅能知道檢查結果，更重要是尋找出產生的原因及采取措施改進。
工廠環境不整潔，如工廠內管路、軟管、集裝箱堆放場地等布局不合理、工作場所不能充分洗凈滅菌，就很難確保達到衛生的要求。因此，工廠內首先進行整理整頓、合理布局，實施“微生物抑制”，保證工人順利開展微生物管理。
2、對工人的教育 食品工廠最大污染源之一是人。在車間，無論機械化程度如何發展，任何地方都有人存在。但是使工人接受衛生安全知識較困難。最好辦法就是開展“自檢”，工人通過親身體會自然地吸收知識。工人“自檢”，既可改善污染原因又增加知識，自覺地養成微生物管理型行動。
3、SSOP管理標準的制訂 每一工廠都有許多各式各樣的問題、若不逐步解決，微生物就不能抑制。一定先要查明原因，然后制定“微生物抑制”標準，要制定階段性完成目標，否則成了空話。隨著標準控制指標的提高，微生物管理行動進一步落實，微生物抑制也簡單了。 4.殺菌劑的使用 在殺菌劑使用前，要認真研究用各種殺菌方法，包括加熱、紫外線、臭氧等，要考慮殺菌劑使用所產生的后果。要選擇合適的殺菌劑，根據不同殺菌對象研究殺菌劑的使用方法，要防止不必要的殺菌劑混入食品，同時也要考慮對廢水處理的不良作用。
過去，食品廠的微生物檢查是由質量管理員對產品的中心樣品進行做生物檢驗。
但是，只對最終產品進行微生物檢查，不能達到微生物管理的目的，檢查項目還需擴大，生產用水、原料、工人及機械均要檢查。
1、實施整理整頓
