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來自土壤中的微生物：主要通過病人和患病動物的排泄物、尸體、或通過廢物、污水使土壤污染。土壤本身也含有能長期生存的微生物。
來自空氣中的微生物：主要來自地面，有的直接來自人和動物的呼吸道。
來自水中的微生物：主要是由土壤中的微生物隨雨水流入水中，人畜排泄物和污水廢物流入水中。
來自人及動植物的微生物：健康的人體和動物的消化道和上呼吸道均有一定種類的微生物存在。周圍環境污染人和動植物造成危害。
通過水污染：水中如有大量微生物存在說明水已被有機物污染，如用這種水處理食品，就會污染食品，水質不合格的原因有：水源本身不合格、管道之間交叉污染、管道污染等。
通過空氣污染：空氣中的微生物，隨著灰塵的飛揚或沉降將微生物附著在食品上。此外人體帶有微生物的痰沫、鼻涕與唾液的小水滴在講話、咳嗽或在打噴嚏時，可直接或間接的污染食品。
通過人及動物而污染：人接觸食品時，人體作為媒介，將微生物污染食品，特別是手造成的食品污染最為常見。直接接觸食品的從業人員，他們的工作衣帽，不經常清洗，消毒，不保持清潔，就會有大量的微生物附著，從而造成食品污染；車間內有蒼蠅等飛蟲或老鼠活動，也會通過污染食品接觸面、空氣或直接接觸食品而造成污染。
通過用具（設備、工器具、容器）及雜物（含原料、廢料、包裝物料等）污染：應用于食品的一切用具，都有可能作為媒介將微生物污染食品，表面不光滑的用具污染程度更加嚴重。特別是裝運食品的工具或用具，在用后未經徹底清洗消毒，而連續使用，就會造成微生物的殘存，從而污染以后裝運的食品。
控制食品微生物超標的三原則
預防——不接觸細菌
控制——抑制細菌的繁殖
殺滅——殺菌、消毒
加強環境衛生管理：
1 垃圾、下角料、廢棄物進行無害化處理，遠離生產場所存放并保持清潔
2 糞便進行無害化處理，保持周圍衛生
3 污水進行無害化處理，并合理排放
4 做好廠區及周圍滅鼠、滅蠅蟲工作
5 做好車間、倉庫的防鼠、防蠅蟲工作
加強食品衛生的管理：
1 食品運輸和貯藏的衛生管理：使用前進行徹底清洗、消毒要防塵，防熱，防腐處理。
2 生產車間布局合理，無交叉污染。
3 生產衛生：建立良好規范的衛生規范，確保生產環境（空氣、設備設施、工器具等）衛生，人員操作符合衛生要求。
個人衛生：養成良好的衛生習慣，工作服帽整潔干凈，定期進行健康檢查。
4 生產用水衛生：定期檢查水質，不合格的水源應定期進行凈化，消毒處理。作好水源的防護，確保水質安全衛生。
5 原輔材料、包裝物料衛生：采用合格的原輔材料、包裝物料，并確保在運輸、存放、使用時不存在劣變和交叉污染。
1 用水分活度、pH、化學物質及包裝控制
1 控制pH（酸度）
2 控制水分活度（含水量，干燥，高鹽，高糖）
0.85以上，高水分食品，需冷藏或采取其它措施保存
0.6-0.85,中等水分食品，不需冷藏，但貨架期短
0.6以下，低水分食品，不需冷藏，有較長貨架期
3 化學抑制劑（防腐劑，鹽，糖），必須符合國家規定，并標注清楚
4 控制包裝（真空包裝，充氣包裝）
2 通過冷藏和冷凍（溫度）控制
溫度為5到46℃是致病菌生長的危險范圍
1 冷藏庫
2 時間/溫度的合理控制（低溫，短時）
3 冷凍控制
4 烹調后迅速冷卻：在很短時間內將溫度從60℃降至21℃
5 烹調后保溫存放：保持60℃以上
1 熱處理（烹調或殺菌）
方式：煮 、蒸、炸、烤、炒、高溫高壓殺菌、管式熱交換器、刮板式熱交換器
影響致死率的因素
食物（器具）的導熱性
食物（器具）的特性
微生物的種類(芽胞或營養細胞)
微生物細胞的耐熱性
2 化學消毒殺菌劑
1 消毒劑：用于殺滅微生物使其達到消毒要求的制劑。
2 有效成分：是指消毒劑中具有殺滅微生物作用的活性成分，其含量常用質量濃度（mg/L）、質量分數（%、ppm）或體積分數（%、ppm）表示。
3 消毒劑消毒滅菌的特點：
費用低
應用廣泛：可用于病人/畜排泄物與分泌物、皮膚、粘膜、飲水、廁所、空氣、手、食品接觸面等的消毒。
4 有機物：
酚：石炭酸。
甲酚：煤酚皂液（來蘇爾）就是甲酚與肥皂的混合液，常用3-5%的溶液來消毒皮膚、桌面及用具等。
甲醛：福爾馬林溶液就是37-40%的甲醛水溶液
醇：它是脫水劑、蛋白質變性劑，也是脂溶劑，可使蛋白質脫水、變性，損害細胞膜而具殺菌能力。乙醇（酒精）是普遍使用的消毒劑，50-70%的乙醇便可殺死營養細胞；75%的乙醇殺菌效果最好，超過80%以至無水酒精效果較差。（一般72-78%）
5 鹵族元素及其化合物：
碘：是強殺菌劑。3-7%碘溶于70-83%的乙醇中配制成碘酊，是皮膚及小傷口有效的消毒劑。碘一般都作外用藥。
氯氣或氯化物：這是一類最廣泛應用的消毒劑。氯氣一般用于飲水的消毒，次氯酸鹽等常用作食品加工過程中的消毒。氯氣和氯化物的殺菌機制，是氯與水結合產生了次氯酸(HClO)，次氯酸易分解產生新生態氧，這是一種強氧化劑，對微生物起破壞用。
輻照
高強度脈沖光
高強度脈沖電子場
紫外線
高壓加工
歐姆加熱
臭氧
滅菌：用物理或化學方法殺滅物體上所有的微生物（包括病原微生物和非病原微生物及細菌芽胞、霉菌孢子等），稱為滅菌。
消毒：用物理或化學方法僅能殺滅物體上的病原微生物，而對非病原微生物及芽胞和孢子不一定完全殺死，稱為消毒。用來消毒的藥物稱為消毒劑。
防腐：防止或抑制微生物生長和繁殖的方法稱為防腐或抑菌。用于防腐的化學藥品稱為防腐劑。某些化學藥物在低濃度時為防腐劑，在高濃度時則成為消毒劑。
無菌：指沒有活的微生物存在。采取防止或杜絕一切微生物進入動物機體或物體的方法，稱為無菌法。以無菌法操作時稱為無菌操作。在進行外科手術或微生物學實驗時，要求嚴格的無菌操作，防止微生物的污染。
1 產品被霉菌或者酵母菌污染時，產品的質量就會劣變，銷路會受到影響，顧客也會投訴甚至要求賠償。
2 對容易發霉的原料要進行妥善的放置，使用前要仔細清洗。
3 為了控制發霉現象要對工廠進行細致的衛生管理。
4 盡量在低溫下對食品進行保存，這樣有助于防止發霉現象和酵母菌問題的擴大化。
菌落總數
大腸菌群
大腸桿菌
金黃色葡萄球菌
沙門氏菌
菌落總數用來判定食品被細菌污染的程度及衛生質量，它反映食品在生產過程中是否符合衛生要求，以便對被檢樣品做出適當的衛生學評價。菌落總數的多少在一定程度上標志著食品衛生質量的優劣。
菌落是指細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數以萬計相同的細菌集合而成。當樣品被稀釋到一定程度，與培養基混合，在一定培養條件下，每個能夠生長繁殖的細菌細胞都可以在平板上形成一個可見的菌落。
菌落總數就是指在一定條件下（如需氧情況、營養條件、pH、培養溫度和時間等）每克（每毫升）檢樣所生長出來的細菌菌落總數。有時稱為雜菌數，需氧菌數等。
大腸菌群是作為糞便污染指標菌提出來的，主要是以該菌群的檢出情況來表示食品中有否糞便污染。
大腸菌群數的高低，表明了糞便污染的程度，也反映了對人體健康危害性的大小。糞便是人類及動物的腸道排泄物，其中有健康者的糞便，也有腸道患者或帶菌者的糞便，所以糞便內除一般正常細菌外，同時也會有一些腸道致病菌存在（如沙門氏菌、志賀氏菌等），因而食品中有糞便污染，則可以推測該食品中存在著腸道致病菌污染的可能性，潛伏著食物中毒和流行病的威脅，必須看作對人體健康具有潛在的危險性。
大腸菌群并非細菌學分類命名，而是衛生細菌領域的用語，它不代表某一個或某一屬細菌，而指的是具有某些特性的一組與糞便污染有關的細菌，這些細菌在生化及血清學方面并非完全一致，其定義為：需氧及兼性厭氧、在37℃能分解乳糖產酸產氣的革蘭氏陰性無芽胞桿菌。一般認為該菌群細菌可包括大腸埃希氏菌、檸檬酸桿菌、產氣克雷白氏菌和陰溝腸桿菌等。
大腸菌群分布較廣，在溫血動物糞便和自然界廣泛存在。調查研究表明，大腸菌群細菌多存在于溫血動物糞便、人類、動物經常活動的場所以及有糞便污染的地方，人、畜糞便對外界環境的污染是大腸菌群在自然界存在的主要原因。糞便中多以典型大腸桿菌為主，而外界環境中則以大腸菌群其他型別較多。
大腸桿菌：為革蘭氏陰性兩短鈍圓的短桿菌，周身有鞭毛能運動，周身還有菌毛，無芽孢，生長溫度為10-50℃之間，適生長溫度為40℃。
大腸桿菌是人畜共患腸道致病菌，患病原性大腸桿菌食物中毒的病人的糞便中可存在大量的大腸桿菌，是散布病毒的主要來源，在健康的人群和牲畜的腸道內也可發現有帶菌者。大腸桿菌引起的食物中毒的主要癥狀是急性腸胃炎，主要表現為嘔吐、腹瀉、大便呈水樣便，重癥有血便。
金黃色葡萄球菌：為革蘭氏陽性球菌，呈葡萄狀排列。無芽孢，無鞭毛，不能運動。
在自然界中分布廣泛，正常人和動物的體表粘膜、空氣、土壤、水、飼料、食品中均有存在，創傷后的皮膚、粘膜帶大量的本菌。生長溫度范圍在6.6-47℃之間，最適生長溫度為35-37℃。加熱60℃經30分鐘即可殺滅，在冷凍貯藏環境中不易死亡。
金黃色葡萄球菌可通過，患局部化膿性感染（如疥瘡、手指化膿等）、上呼吸道感染（如鼻竇炎、化膿性肺炎、口腔疾病等）的人員或帶菌者在他們接觸食品時而使食品污染。
感染中毒后的主要癥狀為急性腸胃炎癥狀，如惡心、嘔吐、腹瀉、腹痛。
金黃色葡萄球菌是人類化膿感染中最常見的病原菌，可引起局部化膿感染，也可引起肺炎、偽膜性腸炎、心包炎等，甚至敗血癥、膿毒癥等全身感染。
沙門氏菌：沙門氏菌屬腸桿菌屬，包括2000多個血清型，廣泛存在于豬、牛、羊鼠類的腸道內臟中，是最普遍、最重要的腸道致病菌。其中雞的帶菌率為2.3-6.8%，豬的為10.7-34.8%，雞蛋帶菌率高達30%。沙門氏菌的適宜生長溫度為37℃，在18-20℃也能繁殖。沙門氏菌對熱抵抗力差，在60℃經20-30分鐘可被殺滅，低溫冷藏也可減少本菌的數量。在肉類中可存活幾個月，在自然環境的糞便中可存活1-2個月。中毒屬感染性食物中毒，為急性腸胃炎癥狀，如嘔吐、腹痛、腹瀉。
本菌主要來自患病的人和動物，及人和動物的帶菌者，使人類致病的沙門氏菌常存在于病人及帶菌者的腸道、血液、糞、尿、膽囊中。據報道有些地區的鼠類帶菌率有2-4%，主要菌種以鼠傷寒沙門氏菌和腸炎沙門氏菌占多數，鼠尿和糞中排出的病菌可直接或間接污染食品。家禽類如雞、鴨、鵝對雞沙門氏菌和雛白痢沙門氏菌特別容易感染，因而這類家禽有較高的帶菌率。健康雞的糞便中帶菌率為2.3%，已被沙門氏菌污染的食品或物品可通過手、蒼蠅、鼠類或其它物品為媒介污染。所以，有些食品被沙門氏菌污染，常與鼠類接觸有關。
