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一、有機生產原則，基本要素與歐盟EEC2092/91、美國205NOP法規的原則是一致的。
二、關于有機畜禽飼養設施條件、飼料的供給、飼養、有機畜產品加工管理等方面，該JAS標準和歐盟EEC2092/91、美國205NOP法規基本相同。
三、在有機畜產品的衛生保健方面，JAS“禁止使用生物藥品（例如疫苗）及獸藥（殺外寄生蟲劑除外）用作預防性治療”。禁止使用疫苗，與IFOAM（國際有機聯盟）基本標準不同。目前，全球的養雞業，對新城疫、法氏囊等主要傳染病的控制和預防，幾乎都使用疫苗。
四、畜禽來源 ，該JAS標準在畜禽來源方面的要求與歐盟EEC2092/91、美國205NOP法規明顯不同。畜禽來源是對有機畜產品有關鍵影響的因素。比較它們的不同，表現在三方面：
1.在確定有機飼養對象方面，JAS規定，家畜在出生前6個月，母畜開始接受有機飼養；家禽從孵化開始，母禽接受有機飼養（第4條，第2款1、2項）。而205NOP法規規定，“銷售、標注或展示為有機的畜禽產品必須從畜禽妊娠或孵化最后的三分之一時間開始進行持續的有機管理。”兩者比較，205NOP法規的規定符合畜禽生產實際情況，具有科學性和合理性；而JAS不分畜禽種類，統一規定對妊娠母畜在生產前6個月進行有機飼養，這不符合實際情況，缺乏科學依據和充分理由。例如母豬的妊娠時間不足4個月，如何在生產前6個月進行有機飼養？
2.在從非有機飼養場引進后備母畜、育成家禽用于畜群、禽群更新和彌補數量方面，JAS（第4條，第2款4項）規定的比例比EEC2092/91法規的規定嚴格。
3.EEC2092/91法規和205NOP法規都允許從非有機飼養場引進種畜，而JAS沒有此類規定。并且，EEC2092/91法規規定，經聽取檢查部門或檢查機構的意見及同意之后，在特殊情況下，例如飼養場擴大、更換動物品種、發展新的專業畜禽飼養等，需要彌補動物數量時，從非有機飼養場引進的后備母畜、育成家禽的比例可提高到40%。在這點上JAS也沒有相應的規定，缺乏靈活性。
《日本有機畜產品農業標準》幾個值得關注的問題
一、對生物制劑使用的要求 <BR> 畜、禽在生長過程中可能使用的生物制劑包括：預防疫病用的疫苗、治療疾病用的特異性抗血清、生長過程中正常添加的腸道微生態制劑。該JAS標準對于有機畜禽產品的來源性畜禽，是否可使用疫苗和抗血清進行疫病預防或治療，未明確要求，只是籠統提到“用于動物性產品生產的家畜或家禽僅限于治療目的使用生物制劑”。
二、“飼養設施的條件”項下，提出“野外飼養場符合（1）至（10）基準”。其中：
⑴為防止禁用物料的飄入，要與周圍明確區分開來。
⑵采取必要措施防止水田用水中飄進禁用物質。
上述對有機飼養的野外飼養場要求（1）和（2），在現實中很難達到，可行性值得商榷。 <BR>
三、在“生產方法基準”中，對“飼料的供給”的要求：
“有機流通飼料……可以供給滿足甲至丙基準條件下生產出來的飼料。但是，只限于甲至丙所列基準應用兩年以上的飼料，使用該飼料的家畜可以用于有機畜產品生產。”
甲為防止禁用物質的飄入，將其與周圍明確區分開來。
乙采取必要措施防止水田用水中飄入禁用物質。
對有機飼養所用飼料要求的甲、乙內容，在現實中很難達到，可行性值得商榷。
四、認證問題
日本將有機畜產品納入《日本農業標準法實施法令》
所指定的目錄中。所有的有機畜產品在得到JAS認證后，才能允許加貼“有機”或類似術語的標簽，才能進入日本市場。由于該標準在一些重要的基準 上比其他國外標準更為嚴格，在有機認證時，我國企業將難以取得主動。
五、《日本有機畜產品農業標準》導致日本其他有機系列標準同時出臺或修改，除有機畜產品的日本農業標準（JAS for Organic Livestock Products）外，日本農林水產省（MAFF）同時制定了關于有機農作物飼料的日本農業標準（JAS for Organic Agricultural Feeds）、有機加工飼料的日本農業標準（JAS for Organic Processed <BR> Feeds）。日本農林水產省還提議將有機農作物加工食品的日本農業標準修訂為有機加工食品、包括以有機畜產品作為成分的加工食品日本農業標準。同時，把“日本農業加工食品標準”(JAS for Organic Agricultural Product Processed Foods)的標題改為“日本有機加工食品農業標準”（JAS for Organic Processed Foods）。
目前，由于WTO各成員給日本農林水產省提交的評議意見較多，該通報標準未能在預定的2004年10月正式批準。
綜上所述，該《日本有機畜產品農業標準》存在明顯的貿易技術性措施傾向。一方面保護了日本的畜禽生產和加工環境，保護日本有機畜產品質量；另一方面，它對全球有機農畜產品、有機食品生產和流通帶來的影響也將是廣泛、深遠的。毫無疑問，該標準對我國尚未成熟的有機畜禽飼養業和有機畜產品加工業的發展也將造成較大沖擊，在增加我國有機飼養成本、影響產量和生產效益的同時，對中日兩國有機畜產品、有機飼料及有機食品、有機農產品的貿易將造成重大的影響。當然，通過對《日本有機畜產品農業標準》的詳細了解，我國有關部門、業內人士也可借鑒日本的做法，增加投入，改善創造條件，減少日本有機畜產品貿易技術性措施帶來的負面效應。
