有機農業生產強調優先使用當地資源，優化在同一土地上多種植物和動物對資源的利用。這種時間和空間上生物多樣性的管理，是農民對農業系統的生產性“投入”。 

　　農民在多種層次上同時是生物多樣性的管理者和用戶。基因層次：首選使用本地的種子和品種，本地品種有較高的抗病性，對當地氣候有較高的適應性。物種層次：動植物多樣化的組合，優化農業生產體系內部養分和能量的循環。生態層次：維護農田及其周圍區域的自然性質，不使用化學投入物，營造適合野生動植物的生活環境。依靠自然控制的方法，保持生物多樣性，避免害蟲由于化學防治所產生的選擇抗藥性。 

　　有機農業與土壤生態系統有機農業強調依靠土壤的自然肥力牞采用作物輪作、生物共生、種植綠肥作物、使用有機肥和減少耕作等措施。長期采用有機農業方法，可以顯著增加土壤中生命體的數量和種類，如有益節肢動物、蚯蚓、共生生物和細菌等，特別是一些瀕臨滅絕的土壤物種。有“生命力”的土壤有如下作用：無脊椎動物（如蚯蚓等）分解植物殘體，有利于養分、氧氣和水分循環。微生物（如細菌和真菌）將作物不可利用的營養元素分解為有效養分，促進養分循環，降解有毒物質。在有機農業系統中，較高的生物量和微生物種群密度，提高了土壤碳元素的保持力。 

　　有機農業與農業生態系統在有機農業系統中，必須加強作物自身的抗病性和害蟲天敵的作用。作物輪作是土壤管理的基礎，是害蟲治理和土壤肥力管理的工具。輪作、間作、建立“作物－樹木－動物” 綜合生產體系這些技術措施，為有益生物提供了棲息地，吸引害蟲天敵和授粉昆蟲到系統中棲息、繁衍。通過促進當地植物和動物的相互作用來保護農業生態系統。生物多樣性的有機農場對改善農業生態系統有如下作用，氮循環：在輪作中種植豆科植物和其他固氮植物（如苜蓿）固定空氣中的氮。共生和寄生：共生生物（如菌根）在吸收養分和減少病原菌侵害方面扮演最重要的角色；寄生可用于對蟲害的生物控制。捕食：捕食性天敵和被捕食昆蟲間的內部競爭可以將害蟲控制于一定水平之下。傳粉：由于在有機農場改善了棲息地的環境，不使用化學農藥，傳粉昆蟲數量下降的勢頭得到控制。很多農作物和開花植物必須由昆蟲（蜜蜂、蝴蝶、甲殼蟲）和其他動物傳粉。 

　　有機農業與自然保護在有機農業系統中，保護與農田相鄰周圍的自然植被是通常的做法，給多種昆蟲的天敵、野生動物、鳥類和其他野生生物提供可替代的食物和棲息地。有機農業生態環境對保護野生生物起到如下作用：按有機農業方式生產，農田的生物多樣性和植物生物產量遠遠高于常規種植；由于大量的食物來源和棲息地，豐富了有機農田的生物區系，例如有機農業對阻止地面孵化的鳥類種類的下降起著積極作用；在農田占支配地位的地區，按有機農業要求設置緩沖帶，對保護野生動物十分重要。　　 

　　有機農業可以提高農田生產能力如果不按有機農業方式生產，會導致農田喪失生物多樣性，造成周圍生態環境退化。因此，取代以往以增加資本投入和大量使用化學投入物增加產量的做法，而用改善生物多樣性、促進養分循環，以及協調作物、動物、土壤和其他生物組成的相互作用，促進資源保護和再生的有機農業生產方式，是提高農業生產、解決產量問題的一條可以實踐的途徑。 

　　從常規種植向有機種植轉換是增產還是減產？在許多情況下，在開始轉換之初會出現減產，特別是那些原來嚴重依賴化肥和農藥投入的地區。但是，在那些原來對農藥、化肥依賴較少的地方，轉換到有機種植就可能不會減產，相反還可能增產。這種有機種植生產能力的增加來自以下一個或幾個原因：通過輪作、間作和多樣種植，農業生產系統生物多樣性得到改善；種植或間作綠肥作物；通過利用作物秸稈還田（或制作堆肥以后還田），促進了農田養分循環；較好地利用周圍生態系統有機物質；較好地利用自然資源，尤其是水資源（例如覆蓋、增加土壤有機質含量）；將養殖業和種植業結合起來，改善養分管理水平；更加注意水土保持。必須指出的是，單單靠有機農業不能解決所有生產問題。例如，在多數情況下，有機農業為恢復由于常規農業而退化的農田提供了可以實踐的方法，但是，在那些土壤和周圍環境退化過于嚴重的地區，單單采用有機農業的措施不能保證恢復和增加生產能力。在這些情況下，有必要將有機農業和修復生物多樣性為目標的農業系統重新結合起來。　　 

　　有機農業至少可以從以下4個方面來增加農民收入，提高效益：不支出或減少支出購買化肥、農藥的成本；生產多樣化和優化；保持和促進農田和周圍的生物多樣性；在市場上賣得較高的價格。與常規農業相比，有機農業顯然是一種可持續的生產方式，將其付諸實踐，可實現社會、經濟和環境的可持續發展。