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申請有機食品認證流程如下：
一、認證申請
1、申請人登陸www.ofcc.org.cn下載填寫《有機食品認證申請書》和《有機食品認證調查表》，下載《有機食品認證書面資料清單》并填寫。
2、申請人向分中心提交《有機食品認證申請書》、《有機食品認證調查表》以及《有機食品認證書面資料清單》要求的文件，提出正式申請。
3、申請人按GB/T 19360--2005 《有機產品》的要求，建立本企業的質量管理體系、質量保證體系的技術措施和質量信息追蹤及處理體系。
二、預審并制定初步的檢查計劃
1、分中心對申報材料進行初審。初審合格，分中心將初審意見連同企業申報材料提交給認證中心。
2、認證中心對申報材料進行文件審核。
3、 審核合格，認證中心向企業寄發《受理通知書》、《有機食品認證檢查合同》（簡稱《檢查合同》）并同時通知分中心。
4、 認證中心根據檢查時間和認證收費管理細則，制定初步檢查計劃和估算認證費用。
5、 當審核不合格，認證中心通知申請人，且當年不再受理其申請。
三、簽訂有機食品認證檢查合同
1） 申請人確認《受理通知書》后，與認證中心簽訂《檢查合同》。
2） 根據《檢查合同》的要求，申請人交納相關費用 ，以保證認證前期工作的正常開展。
四、實地檢查評估
1、 企業寄回《檢查合同》及繳納相關費用后，有機食品認證中心派出有資質的檢查員。
2、 檢查員應從認證中心分中心處取得申請人相關資料，依據本準則的要求，對申請人的質量管理體系、生產過程控制體系、追蹤體系以及產地、生產、加工、倉儲、運輸、貿易等進行實地檢查評估。
3、必要時，檢查員需對土壤、產品抽樣，由申請人將樣品送指定的質檢機構檢測。
五、編寫檢查報告
1、檢查員完成檢查后，按認證中心要求編寫檢查報告。
2、檢查員在檢查完成后兩周內將檢查報告送達認證中心。
五、 綜合審查評估意見
1） 認證中心根據申請人提供的申請表、調查表等相關材料以及檢查員的檢查報告和樣品檢驗報告等進行綜合審查評估，編制頒證評估表。
2） 提出評估意見并報技術委員會審議。
六、頒證決定
頒證委員會對申請人的基本情況調查表、檢查員的檢查報告和認證中心的評估意見等材料進行全面審查，做出同意頒證、有條件頒證、有機轉換頒證或拒絕頒證的決定。證書有效期為一年。
當申請項目較為復雜（如養殖、漁業、加工等項目）時，或在一段時間內（如6個月），召開技術委員會工作會議，對相應項目作出認證決定。
1、同意頒證。申請內容完全符合有機標準，頒發有機證書。
2、 有條件頒證。申請內容基本符合有機食品標準，但某些方面尚需改進，在申請人書面承諾按要求進行改進以后，亦可頒發有機證書。
3、有機轉換頒證。申請人的基地進入轉換期1年以上，并繼續實施有機轉換計劃，頒發有機轉換證書。從有機轉換基地收獲的產品，按照有機方式加工，可作為有機轉換產品，即“有機轉換產品”銷售。
4、拒絕頒證。申請內容達不到有機標準要求，頒證委員會拒絕頒證，并說明理由。
八、 有機食品標志的使用
根據證書和《有機食品標志使用管理規則》的要求，簽訂《有機食品標志使用許可合同》，并辦理有機或有機轉換標志的使用手續。
九、保持認證
1、有機食品認證證書有效期為1年，在新的年度里，COFCC會向獲證企業發出《保持認證通知》。
2、獲證企業在收到《保持認證通知》后，應按照要求提交認證材料、與聯系人溝通確定實地檢查時間并及時繳納相關費用。
3、保持認證的文件審核、實地檢查、綜合評審、以及頒證決定的程序同初次認證。 
