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食品安全危害控制是一個復雜的系統工程，涉及整個食品供應鏈，涉及各環節參與者。
食品生產經營者應當綜合利用危害控制措施防止或消除食品危害的發生，或將危害降到可接受的水平。
在實踐中，企業要針對食品危害的類型和特點選取對應的防控措施。
一、生物性污染的控制措施
(一)對微生物的控制
對于微生物(如細菌、病毒、朊病毒等 ) 的危害防控措施，可以采用清潔消毒、加熱滅菌、低溫貯存、添加防腐劑、建立不利于微生物生存繁殖的環境等措施，也可以加強源頭控制，消除或降低原料帶入產生的危害風險。
主要控制措施包括：
通過清潔消毒措施，去除或殺滅生產經營環境、人流物流以及食品接觸設備、工具、包裝材料帶入的微生物；
設置科學合理的滅菌工藝和殺菌溫度、時間等工藝參數，殺滅原料、半成品、成品和包裝材料中的微生物；
采用冷凍、冷藏、充氮等低溫、隔氧貯存方式，或者建立干燥的生產、貯存環境，創造不利于微生物生長的環境條件；
按照食品安全標準合理使用防腐劑，抑制微生物生長繁殖；
采用發酵工藝或使用高鹽、高糖、高油、高酸度產品配方，防止非預期微生物的生長；
嚴控原料微生物指標、嚴格進貨查驗，降低或消除采購的食品原料、食品添加劑、食品包裝材料和食品等自身的微生物危害風險。
(二)對寄生蟲的控制
寄生蟲通常存在于采購的動植物食材中。
食品生產經營企業可以通過對動植物性原料的徹底清洗和充分加熱、熟制，以及在生產、銷售、餐飲服務過程中將使用的加工制作設備、工具、容器等采用生熟分開等方式，消除寄生蟲帶來的危害風險。
(三)對蟲害的控制
蟲害是指由昆蟲、鳥類、嚙齒類動物等生物(包括蒼蠅、蟑螂、麻雀、老鼠等 ) 造成的不良影響。
蟲害本身往往帶有一定量的微生物或寄生蟲，加上自身可能產生的毒素和攜帶的異物，一旦侵入食品或食品加工環境或設備設施，會帶來生物性、化學性、物理性的多種危害。
防控蟲害的主要措施包括：
制定和執行蟲害控制措施，并定期檢查措施效果；保持生產經營場所相關建筑物的完好和環境整潔，防止蟲害侵入及滋生；
在生產經營場所配置紗簾、紗網、防鼠板、防蠅燈、風幕等裝置，防止鼠類、昆蟲等蟲害侵入；
準確繪制蟲害控制平面圖，定期檢查捕鼠器、粘鼠板、滅蠅燈、室外誘餌投放點、生化信息素捕殺裝置等裝備的蟲害防控效果；
保持食品包裝、貯存容器的密閉良好，防止在加工、貯存、銷售等環節的蟲害侵入等。
采用物理、化學或生物制劑進行蟲害消殺處理時，不應影響食品安全，不應污染食品接觸表面、設備、工器具及包裝材料。應優先使用物理方法消除蟲害。
(四) 對真菌毒素的控制
真菌毒素是真菌在生長繁殖過程中產生的次生有毒代謝產物。
真菌在自然界廣泛存在，如谷物中的黃曲霉、鐮刀菌，水果中的展青霉，谷物、豆類、水果中的赭曲霉等。這些真菌在生長繁殖過程中會產生黃曲霉毒素、脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、展青霉素、赭曲霉毒素、玉米赤霉烯酮等真菌毒素。
食用真菌毒素超過食品安全國家標準規定限量的食品，易導致食物中毒、致病、致癌等食源性疾病。
食品生產經營企業可以通過嚴格原料進貨查驗、嚴控生產經營環境條件、嚴格清潔消毒規程等多種措施，降低或消除真菌毒素帶來的危害。
二、化學性污染的控制措施
(一)原料控制
食品生產經營企業可以通過嚴格原料進貨查驗/檢驗，以及避免從污染區域采購原料等措施，降低原料帶來的化學性危害。
(二) 加工過程控制
食品生產經營企業應當建立防止化學性污染的管理制度，分析可能的污染源和污染途徑，制定適當的控制計劃和控制程序。
主要措施包括：
建立食品添加劑和食品工業用加工助劑的使用制度，嚴格按照食品安全國家標準規定使用食品添加劑；
禁止在加工制作過程中添加食品添加劑以外的非食用化學物質和其他可能危害人體健康的物質；
使用食用油脂或能保證食品安全要求的其他油脂對可能直接或間接接觸食品的設備、工具進行潤滑；
合規使用清潔劑、消毒劑等化學品，非必要不在生產經營場所存放和使用可能污染食品的化學制劑；
對食品添加劑以及清潔劑、消毒劑、潤滑劑等明確標識、分類管理、妥善保存。
三、物理性污染的控制措施
食品生產經營企業應當建立防止異物污染的管理制度，分析可能的污染源和污染途徑，并制定相應的控制計劃和控制程序。
主要措施包括：
通過采取設備維護、衛生管理、現場管理、外來人員管理以及監督加工過程等措施，降低人流、物流對食品產生的玻璃、金屬、塑膠等異物污染的風險；
采取設置篩網、捕集器、磁鐵、金屬檢查器等裝置，降低原料、設備、人員在加工過程中帶入的金屬或其他異物污染食品的風險；
在進行生產現場維修、維護及施工等工作時，設置相應的防護區域、加裝防護裝置或停止生產活動，避免異物、異味、碎屑等污染食品。
四、人為故意危害的防控措施
企業應當采取適當的教育培訓、現場管理、風險排查、相互監督等防控措施，防范人為故意造成的食品安全風險。
例如：
對從業人員進行食品安全法律法規、科學知識和行業道德倫理培訓，提升食品安全意識，培養職業道德觀念，養成衛生清潔習慣，營造從業良心氛圍，建立食品安全企業文化；
嚴格原料使用和產品配方管理，嚴控進入生產經營關鍵環節的人員和物品；
采用視頻技術手段監控稱量、配料、投料、包裝等關鍵加工環節，鼓勵員工相互監督舉報危害食品安全的不良行為等。
