1)  GAP主要關注新鮮果蔬的微生物危害，沒有解決與食品生產和環境相關的其他問題（比如：殺蟲劑殘留、化學污染物）。在評估GAP中最能促成操作過程微生物危害減少的相關建議時，種植者、包裝者和運輸者應努力確立實施方案以避免因疏忽而造成食品供應活環境中可能增加的風險。

    2)  GAP焦點在于降低風險而不是消除風險。當前的技術無法徹底去除與新鮮果蔬相關的所有潛在危害。

    3）GAP僅提供廣泛的、一般的科學原理，操作者應使用指南以幫助評估特定生產條件下（氣候上的、地理上的、文化和經濟上的）的微生物危害，適當實施經濟有效的風險降低策略。

    4）隨著信息和技術的深入發展，人們將不斷擴大識別和降低食品微生物危害的理解，政府機構也將不斷采取措施（如適當修訂GAP或提供附錄或增加指南文件）更新GAP的建議和信息。美國FDA和USDA  鼓勵操作者從州或地方的公共衛生、環境、農業、服務機構、聯邦機構和服務延伸部門去尋求更多的幫助。