掃描電鏡在觀察生物樣品時，具有以下特點：
（1）多角度觀察樣品的表面結構；
（2）不需要將樣品切成薄片；
（3）景深大、圖像立體感強；
（4）放大倍數從幾十倍到幾十萬倍連續可調；
在觀察形貌的同時可以對微區的成分進行定量和定性分析。而能否獲得真實、清晰、理想的掃描電鏡觀察結果，樣品的制備過程是關鍵。
生物樣品含水直接觀察，會對掃描電鏡造成以下影響：
1.  樣品蒸發的水蒸氣遭遇高能電子束，會被電離而放電，引起束流大幅度波動，使圖像模糊，或者根本不能成像;
2.  大多數含水樣品在高真空中容易發生形態損傷，表面皺縮、變形; 
3.  樣品揮發會造成鏡頭、光闌等的污染; 
4.  燈絲會被上升水蒸氣氧化而變質。
生物樣品的含水量高，二次電子產率低，導電性差，對熱，電子束敏感，僅有少數樣品如毛發、牙齒以及含水量極低的昆蟲等可以直接噴鍍觀察，絕大多數的生物樣品均要求經過干燥處理才能鍍金觀察。
干燥是掃描電鏡生物樣品制備中的關鍵環節，如果處理不好，會直接影響到觀察的清晰度與準確度。要想制備出好的掃描電鏡生物樣品，需要在干燥過程中盡可能減少由于水分蒸發而引起的樣品表面形貌的形變，且必須確保干燥。大多數動植物容易發生明顯的塌陷和變形。因此，需要針對不同的生物樣品來選擇合適的干燥方法。