1.適用多種培養皿：適用于傳統的平板接種法、螺旋接種法等，培養皿直徑：標準的90mm和55mm。

光源：長壽命的LED光源。光源組合：4種組合形式的光源和背景顏色。可選智能遙控多色光源背景，使計數不同種類及顏色的培養基更加精準。

在成像方面，傳統的人工菌落計數儀采用放大鏡，放大倍數可達3至6倍。而全自動菌落計數器具有拍照功能，CCD的規格越來越高。現在銷售的HCC-90A型號像素為500萬，菌落分辨率：<0.1mm，圖像清晰度大大提高。

圖像處理功能，配套的軟件具有背景處理、顏色標記、干擾校正、菌落放大、面積計算等功能，這些都是傳統的菌落計數器所沒有的。

在數據庫的處理方面，較傳統的菌落計數器，增加了數據存儲，智能查詢，數據導出等，有的還可以設置操作者使用權限，數據修改權限設置等，使測量的數據更加安全。同時，還可以在線編輯，報表打印。