無論是秋冬季還是夏季，黃瓜的肥水管理都很重要。如果肥水管理不當，就會造成爛根、漚根、葉片黃化等不良現象。
施肥：有機肥和無機肥相結合。在進行有效的測土之后，根據土壤先前的狀況和作物需求，進行配方施肥，以滿足作物生長需求。一般作物施肥規律是有機肥加復合肥加微肥加活性有益菌肥。追肥與底肥相輔相成。選肥以多元復合肥和有機肥為主，采取底肥和沖施相結合的方法。這樣，可以活化土層，從而增加根系延伸的面積，補充植株所需的各種營養元素。適量施肥。有些菜農朋友在施肥時，盲目增加用量，如底肥過多，會造成燒苗；如沖施肥量過大，容易引起爛根、漚根等。所以施肥時要掌握適量，并且沖施肥料過后，要及時中耕。選用對路的生物肥。生物肥料含有多種有益菌，有活化土壤、提高地溫、調節土壤營養的作用。所以適當施用生物肥可促進根系發育，提高黃瓜抗病性。
澆水時間：秋冬季棚室黃瓜應選擇在晴天上午，因為這時水溫與地溫較接近，地溫容易提升，而且下半天還有充分排濕的時間。所以說盡量避免在傍晚和連陰天的時候澆水，以免引起蔬菜病害的大發生及蔓延。
澆水量：如果冬天里棚室黃瓜嚴重缺水時，切不可澆水量過大，這時土壤易缺氧而引起根系窒息爛根，地上部葉片發黃甚至死亡。
水溫：秋冬季黃瓜澆水最好選擇地下水，水溫不能低于3℃，并且水量要小，澆水當天，要盡快恢復地溫。與此同時，還要盡量排濕，如果濕度過大，很容易引起霜霉病和白粉病。