該模型認為：同源染色體在聯會期間，一對同源染色體各有一條單鏈DNA斷裂，然后要發生重接，不過在重接的過程中發生了錯誤，不是原來斷開的染色體重新連接起來而是交換連接，并且要通過一種Holliday 中間結構的變化最后形成不同類型的重組體。在此過程中需要特殊的DNA重組蛋白：RecA 蛋白。這一模型是Holliday提出的，所以又稱為Holliday重組模型。