指用～定波長的光照射在經薄層層析后的層析板上，對具有吸收或能產生熒光的層析斑點進行掃描，用反射法或透射法測定吸收的強度，以檢測層析譜。對于中成藥復方制劑，亦可用相應的原藥材按需要組合作陰、陽對照，然后比較其薄層掃描圖譜加以鑒別。使用儀器為薄層掃描儀。