確定單鏈核酸堿基序列的技術。其基本原理是待測單鏈核酸與已知序列的單鏈核酸（叫做探針）間通過堿基配對形成可檢出的雙螺旋片段。這種技術可在DNA與DNA，RNA與RNA，或DNA與RNA之間進行，形成DNA-DNA，RNA-RNA或RNA-DNA等不同類型的雜交分子。作為探針的已知DNA或RNA片段一般為30～50核苷酸長，可用化學方法合成或者直接利用從特定細胞中提取的mRNA。探針必須預先標記以便檢出雜交分子。標記方法有多種，常用的為同位素標記法和生物素標記法。雜交方法又可分為液相雜交和固相雜交。目前使用較多的是固相雜交法。此法是先將待測單鏈核酸樣品（如為雙鏈，則須先變性成為單鏈）結合到硝酸纖維素膜上，然后與溶液中的標記探針進行雜交。通過與電泳法和放射自顯影法結合，獲得雜交圖譜，再進行定性或定量分析。分子雜交方法廣泛用于生物化學、分子生物學中作為核酸片段堿基序列的檢測與鑒定手段。在醫學領域中已用于某些病毒或細菌引起的感染性疾病的診斷。它也可用于基因工程。不同來源蛋白質的亞基結合過程也可稱為雜交。