1. 對每個基因設計并檢測兩到四個siRNA序列
為了找到潛在靶位點，掃描靶基因中的AA序列。記錄每個AA 3’端19個核苷酸作為潛在siRNA靶位點。潛在靶位點需通過GENBANK數據庫的BLAST分析，去除那些與其它基因明顯同源的靶位點。如果可能，siRNA應根據mRNA低二級結構的區域設計。美國著名RNA產品公司Ambion提供網上在線設計工具，幫助您更快地完成這項工作。網址為：www.ambion.com/techlib/misc/
siRNA_finder.html

2. 選擇低GC含量的siRNA
Ambion公司研究發現GC含量在40-55%的siRNA比55%以上的活性高。

3. 純化體外轉錄siRNA
在轉染前要確認siRNA的大小和純度。為得到高純度的siRNA，推薦用玻璃纖維結合，洗脫（Ambion siRNA體外合成試劑盒中已包括純化柱保證siRNA純度）或通過15-20%丙烯酰胺膠除去反應中多余的核苷酸，小的寡核苷酸，蛋白和鹽離子。注意：化學合成的RNA通常需要跑膠電泳純化（即PAGE膠純化）。

4. 避免RNA酶污染
微量的RNA酶將導致siRNA實驗失敗。由于實驗環境中RNA酶普遍存在，如皮膚，頭發，所有徒手接觸過的物品或暴露在空氣中的物品…因此保證實驗每個步驟不受RNA酶污染非常重要。Ambion公司在這方面有一整套的產品線，如除RNA酶的噴劑，拭紙及液劑，檢測和去除RNA酶。

5. 健康的細胞培養物和嚴格的操作確保轉染的重復性
通常，健康的細胞轉染效率較高。此外，較低的傳代數能確保每次實驗所用細胞的穩定性。為了優化實驗，推薦用50代以下的轉染細胞，否則細胞轉染效率會隨時間明顯下降。

6. 避免適用抗生素
Ambion公司推薦從細胞種植到轉染后72小時期間避免使用抗生素。抗生素會在穿透的細胞中積累毒素。有些細胞和轉染試劑在siRNA轉染時需要無血清的條件。這種情況下，可同時用正常培養基和無血清培養基做對比實驗，以得到最佳轉染效果。QIAGEN推出的專門針對RNA轉染的試劑

7. 選擇好的轉染試劑轉染siRNA
針對靶細胞類型，選擇好的轉染試劑和優化的操作對siRNA實驗的成功至關重要。siRNA實驗要求選擇適合轉小的RNA的轉染試劑（目前大多數轉染試劑都針對轉染比較大的質粒DNA，而非小的RNA分子，宿主范圍大小也不同）。Ambion公司的Silencer siRNA Transfection Kit，QIAGEN的Transmessenger Transfection Reagent都是專門針對轉siRNA優化的轉染試劑，是您的理想選擇。

8. 通過合適的陽性對照優化轉染和檢測條件
對大多數細胞，看家基因是較好的陽性對照。將不同濃度的陽性對照的siRNA轉入靶細胞（同樣適合實驗靶siRNA），轉染48小時后統計對照蛋白或mRNA相對于未轉染細胞的降低水平。過多的siRNA將導致細胞毒性以至死亡。Ambion公司提供多種靶基因的陽性siRNA。

9. 通過陰性對照siRNA排除非特異性影響
合適的陰性對照可通過打亂活性siRNA的核苷酸順序設計而得。必須注意它要進行同源比較確保相對所要研究的生物的基因組沒有同源性。

10. 通過標記siRNA來優化實驗
熒光標記的siRNA能用來分析siRNA穩定性和轉染效率。標記的siRNA還可用作siRNA胞內定位及雙標記實驗（配合標記抗體）來追蹤轉染過程中導入了siRNA的細胞，將轉染與靶蛋白表達的下調結合起來。