Dunn等最早介紹了夾心雜交類型，Ranki等又作了進一步的改進，夾心雜交法比直接濾膜雜交法有兩個主要的優點：（1）樣品不需固定，對粗制樣品能做出可靠的檢測；（2）用夾心雜交法比直接濾膜雜交法特異性強，因為只有兩個雜交物都雜交才能產生可檢測的信號。
固相夾心法雜交需要兩個靠近而又互相重疊的探針，一個做固相吸附探針，另一個作標記檢測探針，樣品基因組內核酸只有使這兩個探針緊密相連才能形成夾心結構，需要注意的是兩探針必須分別亞克隆進入兩個分離的非同源載體內，以避免產生高的本底信號。
夾心雜交法可用濾膜和小珠固定吸附探針，使用小珠可更好地進行標準化試驗和更容易對小量樣品進行操作。Dahlen等利用微孔板進行夾心雜交，可同時進行大量樣品檢測，他們先吸附DNA探針加到凹板中，然后用紫外線照射使其固定到塑料板上，用微孔板進行夾心雜交還可直接用于PCR技術。應用光敏生物素標記探針，檢測PCR產物的敏感性和用32P標記探針（3×108cpm/μg）作16h放射自顯影的Southern雜交的敏感性一樣。用微孔板雜交的其它優點還有可同時操作多份樣品，加樣、漂洗和讀結果等步驟可以自動化。