親緣關系近的兩個個體之間的交配叫近親交配或近交。如果兩個體在3代（或5代）內的直系或旁系中能找到共同祖先，則稱這兩個體的親緣關系近。在近交中，根據交配個體間親緣關系相對遠近的程度，較常見的有表兄妹交配、半同胞交配、全同胞交配和自體交配（自交）。近交的基本遺傳效應是導致群體中的純合體頻率上升或雜合體頻率下降。現以自交為例說明。假定試驗以基因型為Aa的一株小麥開始（自交0代），則各自交世代的基因型及其頻率變化如下：
由上表可知：自交0代，1代，…，n代的雜合體頻率分別是(1/2)0，(1/2)1，…，(1/2)n。只要自交世代n足夠大，最終可使群體的雜合體（Aa）頻率趨于0，而純合體（AA和aa）頻率［=1-（1/2）n］趨于1。其他近交形式也有同樣的遺傳效應，只不過使純合體頻率上升的速度比自交的要慢。由于近交可導致純合體化，就可有目的地對育種對象進行人工強制近交，通過選擇以保留對生產有利的基因和淘汰對生產不利的基因，這樣就可選出不同類型的性狀、優良的近交系或自交系。不同的近交系或自交系間雜交，就可能選育出具有強優勢的雜種一代組合，供生產利用雜種一代優勢。也可以利用雜交和近交相結合的方法，選育出在生產上應用的遺傳上穩定的新品種。天然異交生物，由于隱性有害基因主要存在于雜合體中而不能表達。一旦近交，隱性有害基因以純合體形式存在而得到表現，例如玉米自交后代常分離出白化苗、黃苗和畸形苗等。所以，對于天然異交生物，近交往往有害。但對于天然近交生物或自交生物，近交不會有害，這是因為在長期自然選擇過程中，保留下來的幾乎全是對生存有利的基因。對于這些天然近交生物，在生產上應盡量采用近交，以保持優良性狀的相對一致性，即保持優良品種的“種性”。
