亞系（Substrain）是由同一個近交系分離出來的具有各不相同特性的品系。亞系可由下列途徑形成：(1)在同一研究室里，從近交品系中分離出來，從兄妹交配繁殖達8～19代之后分開飼養，分開后不與其它品系混交，再繼續兄妹或親子近交12代以上者。如此可獲得具有一定特殊性狀的品系。(2)一個近交品系從一個研究機構或研究者轉送到另一個機構或研究者哪里，經相當代數飼養，并與其它品系混交者。(3)當發現有某些基因變異時，可培育成具有某些特殊性狀的亞系動物。