（一）神經系統
1．腦室、腦水腫
⑴腦突出（腦疝，Brhin Hernia,bh）：bh/bh小鼠出生時即可見大腦疝，有些發生腦水腫，3/4純合子鼠表現嚴重的小眼或無眼，2～3周后均發生多囊腎。
⑵大腦變性（大腦退化，Cerebral Degenereation,Cb）：產生腦積水，通常出生時即表現出來。腦積水可能繼發于大腦的廣泛性破壞，與胚胎期病毒感染有關。
⑶先天性腦積水（Congenital Hydrocephalus,Ch）：妊娠的第11天即發生大腦半球的異常腫脹，顱底軟骨的體積減少，并伴隨蜘網膜下腔的發育遲緩，影響到腦脊髓液的重吸收而直接與腦積水的發生有關。
⑷腦積水-3（Hydrocephalus-3，hy-3）：與先天性腦積水相似，是腦軟膜蛛網膜發育不全的結果。
⑸阻塞性腦積水（Obstructive Hydrocephalus,oh）病鼠很少能活到斷奶，病變從一周齡開始出現，腦室系統擴張，持續發展到二周齡左右，增大的大腦半球壓迫中腦使水管閉塞。大臟皮質中軸突變和樹突的數目減少，神經系統的進行性損傷引起了皮質的進行性破壞和腦室的擴張，最終導致了水管內壓升高。
2．小腦
⑴神經質（Nervous,nr）：病鼠（nr/nr）體形通常較同窩鼠小，大約在3.5周齡時表現為明顯的活動力減弱和輕度步態不穩。小腦蚓部浦肯野氏細胞發生變性，小腦皮質分子層反應性膠質細胞增生。nr/nr小鼠還表現有視網膜感光細胞的慢性進行變性。
⑵佝僂病（Rachiterata,rh）:rh/rh鼠小腦皮層和大腦皮層中的神經原發生錯位和異常移行，18日齡時癥狀完全表現出來，姿勢和步態不穩，共濟失調。小腦的體積減少，小腦葉可發生嚴重病變，顆粒細胞數目減少，浦肯野氏細胞錯位于顆粒細胞層內。
⑶蹣跚（Staggerer,sg）:sg/sg鼠的的癥狀在出生后四周內發展起來，表現為步態異常，遲緩，運動蹣跚，很少運動，若運動時可伴有短時間的顫抖。小腦體積小于正常的1/3，很少有肉眼可見的腦溝。小腦葉很小，分層不明顯，顆粒層細胞很少，分子層狹窄。
⑷搖動（Swaying,Sw）：Sw/Sw鼠主要癥狀是軀體共濟失調和四肢強直。小腦前蚓部大多缺失，下丘腦向外側錯位，上丘腦直接與小腦白質混為一體。盡管小腦皮質被破壞，但浦表野氏細胞和顆粒細胞之間的組織學關系基本正常。
⑸搖晃（Weaver,Wr）:Wv/Wv鼠出生后8～10天可出現步態不穩，倒下和試圖恢復平衡時身體和四肢有顫抖表現。當鼠受刺激或興奮時跳躍較高（一般可達25cm）。小腦的顆粒細胞幾乎完全缺乏。發現于C57BL/6J小鼠。
（二）髓鞘異常
1．顫抖（Quaking,qk）:發現于PBA/2J小鼠，qk/qk鼠受打攪時，表現為顫抖，3周齡時達高峰，成年鼠可以保持僵硬不運動的姿勢。病變局限于腦和脊髓，肉眼能看到它們缺乏髓鞘。
2．機敏（Jimpy,jp）:10～12日齡鼠在行動時伴有全射顫抖，3～4周時，出現全身陣發性強直驚厥，通常30日齡時發生死亡。腦和脊髓的髓鞘廣泛缺乏，但細胞結構仍保持完整。在有髓鞘神經囊里有載脂巨噬細胞存在。這表明髓鞘曾形成，后又遭到破壞。這些特征與人類的嗜蘇丹腦白質障礙相似。
3．搖擺致死（Wabbler-Lethal,WL）:wl/wl鼠12日齡時，表現為行走困難（后肢抱地）和步態不穩及顫抖，3～4周齡時，癥狀持續加重直至死亡。前庭脊髓囊和脊髓小腦囊、結合臂、紅核、紅核脊髓囊、前庭神經、前庭核、附繩狀體、斜方體及橄欖核中的髓鞘變性，未見端腦中發生變性的報導。各種有髓鞘系統的包繞結構似乎與其發育的次序有關。
4．突變低頭（Ducky,du）:du/du鼠10日齡時即可見步態跠跚，協調不好，在3～4周時，病鼠表現出驚厥，它們可以活到性成熟且能繁殖的年齡，但其壽命常常較短。中樞神經系統某些區域發育不全，影響最嚴重的部位還是脊髓、脊神經節、脊神經、小腦和延腦。
（三）其它神經突變
1．搖擺（Wobbler,Wr）:發現于C57BL/FA小鼠。Wr/Wr病鼠是一種運動系統疾病。3～4周齡時，表現為顫抖和前爪抓握無力，頸部和前肢的肌肉進行性衰弱，導致步態不穩，失去攀爬和正常使用肢體的能力。但能存活一年以上。腦干和脊髓中運動神經原的病理變化極為顯著。
2．痙攣（Spastic,Spa）Spa/Spa鼠14日齡時，表現為四肢和尾巴快速顫抖，姿式僵硬。對某些藥物反應良好，如氨基含氧乙酸能明顯改善其臨床癥狀，脫氧吡哆酮可以加重痙攣鼠的臨床癥狀。缺乏維生素B6的飼料也可加重痙攣鼠的臨床癥狀。
3．肌肉緊張不足（Dystonia Musculorum,dt）:dt/dt鼠共濟失調癥狀隨鼠齡加大而加重，肢體發生交替性伸展過度和屈曲過度，3～4周時，腿部的蠕動和姿式的異常具有特征性，但這種肢體運動再不可能是有效的行動。病變主要見于外周神經、感覺根、脊神經節、腦神經節、脊髓和腦干。
4．蹌踉（Shambling,Shm）：Shm/Shm鼠16～18日齡時，體小，顫抖，步態不穩，后肢運動協調不好，經常呈后肢僵直向外伸去的姿勢。主要病變在腰部脊髓，包括延髓。
5．蹣跚（Tottering,tg）:tg/tg鼠2周齡即可見到神經癥狀，步態異常，常會跌倒，間歇性局部痙攣，后肢重復出現痙攣性外展和伸直達幾少鐘，到3周齡時，痙攣方式已固定。
6．缺乏胼胝體（Absence of Corpus Callosum,ac）:該鼠胼胝體缺失是偶然發現的，未見有任何臨床癥狀。病鼠的解剖學病變可分為三型：第一型的胼胝體全部缺失，這是最明顯的病變；第二型是胼胝體前部的缺失；第三型是胼胝體后部的缺失，
7．篩狀退化（Cribriform Degeneration,Cri）:Cri/Cri純合體鼠2.5～3周齡時，體小，衰弱，行動共濟失調。貧血、電解質不平衡和神經系統的病變是Cri突變基因的多效性作用。最明顯的病理變化是在脊髓白質中出現對稱性的篩狀病變。垂體前葉、睪丸和甲狀腺等內分泌腺的體積減少，鉀、氯、鈉離子的分布異常。
（四）耳
1．耳聾（Deaf,Vdf）：僅表現耳聾，是由Conti器、蝸螺旋神經節及血管紋變性結果。
2．耳聾（Deafness,dn）：耳蝸和球囊斑發生變性引致。
3．抽筋（Jerker,je）：是耳蝸的感覺細胞、球囊和橢園囊變性的結果。
4．趾尖旋轉（Pirouette,pi）:Conti器、蝸螺旋神經節、血管紋、球囊斑及壺腹嵴變性，并有趾間旋轉癥狀。
5．搖擺-1（Shaker-1,sh-1）：Conti器、蝸螺旋神經節、血管紋及耳蝸變性，球囊斑及前庭迷路變性，并有搖擺癥。
6．轉圈（Rotating,rg）:從40日齡起發生球囊斑變性，半規管的發育受到限制，不聾，但有轉圈癥狀。
（五）眼
1．眼瞼翻開（Gaping Lids,gp）:出生時眼瞼開放，角膜不透明，從妊娠的第15天起晶狀體增大，并有裂唇。
2．眼瞼翻開（Open Eyelids,oe）:出生時眼瞼翻開，角膜混濁，有些發生小眼，晶狀體和視網膜錯位，角膜也可能發生錯位。
3．小眼畸形（Microphthalmia,mi）：眼小，眼腔閉合，常有白內障，多數mi/mi死于斷奶年齡左右，嚴重的有骨骼缺陷。
4．白內障（Catarait,cat）：晶狀體呈乳白色，出生時混濁，患白內障。
5．異位（Ectopic,ec）:5周齡發生晶狀體混濁，晶狀體囊破裂，核異位。
6．水晶體破裂（Lens-Rupture,lr）:白內障開始于3周齡左右，晶狀體囊破裂，晶狀體異位到玻璃體中。
7．眼遲鈍（Ocular Retardation,or）:眼遲鈍，純合體在出生時眼小，中間動脈和靜脈不發育，視神經和視交叉缺乏。
8．視網膜變性（Retianl Degeneration,rd）:視網膜變性，從10月齡開始光感受細胞即不發育，到20日齡時，桿細胞缺乏，神經節和兩極細胞層完整。
（六）皮膚
1．無毛（Hairless,hr）：為無毛鼠，與nu/nu差不多，但有區別。6個月齡后胸腺皮質萎縮，CVH降低，細胞免疫性降低，GMULV滴度增加，體液免疫反應性降低，接觸性、敏感性都降低。
2．無毛（Rhino,hrrh）:是hr無毛的等位基因，表現型與無毛相似，但一般來說缺陷更嚴重。
3．裸體（Nakek,N）：雜合體胎毛生長幾乎正常，但從10～14日齡起即開始脫落，并循環發生，從而引起周期性的禿斑和毛斑。純合體出生時無觸須。少數能存活到繁殖期。
4．缺皮脂（Asebia,ad）:ab/ab鼠的皮膚上有發育不良的毛并完全缺乏脂腺，毛囊數目減少（缺乏毛囊）。
5．魚鱗狀皮膚（Ichthyosis,ic）:6日齡鼠皮膚粗糙且呈乳頭狀，體側、體背和尾部的皮膚出現破裂，2周齡時毛被稀薄，短且卷曲，3～4周齡時，皮膚變得干燥，硬實，且呈鱗狀，然后破裂膠落，常見有真皮層的繼發感染。
（七）肌肉系統
1．肌肉發良不全（Muscular Dysgenesis,mdg）:mdg/mdg小鼠的骨骼上的成肌細胞不分化，出生時常發生死胎或出生后很短時間死亡。其體型短而寬，皮膚松馳而光滑，頜小和腭裂。
2．肌營養不良（Muscular Dystrophy,dy）:發生于129J小鼠。病鼠（dy/dy）在出生時活的，但大約到3周齡開始表現進行性肌衰弱和廣泛性的肌萎縮，無生殖力dy/dy雌鼠的卵巢移植到正常雌鼠體內是具有生殖力的。該鼠肌纖維較正常的大或小，結締組織量增加，有些區域肌纖維被脂肪組織代替，肌原纖維漸進性喪失。
（八）骨骼系統
1．小眼畸形（Microphthalmia,mi）眼小，常有晶狀體白內障和視網膜裂。門齡通常不冒出牙床，長骨缺乏正常的重建，使長骨變短，其近端呈圓錐形，在骺后下方不形成正常骨頭的特征性形狀。
2．并趾畸形（Syndactylism,Sm）發生A/Fa近義系小鼠中，sm/sm小鼠的四只腳均受到影響，多數鼠第三和第四趾是融合在一起的，有些鼠的第一和第二趾也是這樣，前足的趾聯合是軟組織的融合，而后足的趾是骨融合引起。
3．皮膚增厚（Ｔight－skin,TSK）發現于B10·D2（58N）/Sn近交小鼠中。病鼠皮膚增厚，頸和肩部的皮膚更緊。TSK/ 鼠的結締組織、軟骨和骨生長過度，胸廓擴大，發生肺氣腫。
４．多并趾（Polysyndactyly,PS）ps/ 小鼠表現為軸后多并趾以及并趾加姆趾軸前碎裂。在后足，拇趾（第一代或大的爪），厚而短，其它趾可變短或融合。
5．搖擺和并趾畸形（Shaker-with-synda-ctylism,sy）,sy/sy鼠并趾（軟組織聯合或骨性聯合）在四只腳均可表現，長骨較細，迷路異常，中間充質組織過多，造成部分內淋巴間隙萎縮，最終發生膜迷路的變性，動物發生仰頭、轉圈和耳聾。
6．軟骨發育不全（Achondroplasia,Cn）Cn/Cn小鼠腿短，趾短而粗，脊柱短，尾短而粗，頭呈圓頂形，上頜縮短而呈“叭喇狗”外形，牙齒錯位咬合，鼻短而寬（可造成發紺）。
7．短而寬的畸形突變鼠（Brachymorphic,bm）；垂耳（Droopy-Ear,de）；短頭突變鼠（Short-head,Sho）；矮胖（Stubby,stb）突變鼠。
此外尚有：短肢（Phocomelic,PC），短趾（Hypodactyly,Hd），多趾（Extra-toes,xt），短尾（short-tail,Sd）,駝背（Kyphoscoliosis,Ky），少趾（Oligodactyly,ol），短耳（Short-Ear,se），顯性半肢畸形（Dominant Hemimelia,dh）等。
（九）血液、淋巴和免疫系統
1．米色突變小鼠（Beige mouse）：鼠全身被毛基部以及耳和尾巴皮膚的色素減少，病鼠眼色淡，對感染的易感性高，出血性素質以及某些細胞中出現異常顆粒。其色素變化是由于這種突變體發生部分白化的結果。這些癥狀與人類、牛和水貂的部分白化相似。因此米色小鼠可作為Chediak-Higashi綜合征的一個模型。
2．泡沫細胞性網狀細胞增多（Foam cell Neticulosis）小鼠：這種鼠病與人類Gaucker氏和Nieman-pick氏病相似。發現于3月齡的CBA小鼠，淋巴器官發生明顯改變，胸腺腫大不透明，縱隔和系膜淋巴結也常發生類似的變化。正常組織被大巨噬細胞（直徑15～40μ）所代替，這些泡沫細胞的胞漿中含有多量脂肪等物質。
3．能活的黃色（Viable yellow,AVY）小鼠：免疫研究用，GVH下降，對肝癌、乳腺癌、膽管瘤的易感性降低，易發生肥胖癥。
Ay:yellow與Avg相似。
4．米黃色（Beige,bg）小鼠：影響顆粒細胞的趨化性，降低對肺炎的易感性，降低對金黃葡萄球菌的殺傷力，如人的Chediak-Higashi綜合?開。
5.Ames矮小（Ames dwarf,df）小鼠：有很多免疫缺陷，斷奶后胸腺萎縮，血中淋巴球減少癥（Lymphopenia）,GVH降低，對PHA與Con-A反應低，SRBC體液反應降低，垂體功能缺陷。
6.顯性半肢畸形（Dominant himimelia,Dh）小鼠：半肢畸形顯性，淋巴結大，白細胞增多，網狀內皮系統功能降低，脾臟缺乏，后肢少一塊骨頭。
7.矮小（Dwarf,dw）小鼠：斷奶后胸腺萎縮，胸腺激素降低，GVH降低，對SRBC反應降低，自家免疫性降低。
8.無毛（Hairless,hr）小鼠：無毛鼠與nu/nu差不多，但與nu/nu有區別，6月后胸腺皮質萎縮，GVH降低，細胞免疫性降低，接觸性敏感性降低。
9.嗜睡（Lethargy,lh）小鼠：嗜眠癥（是容易睡覺的品系），胸腺與脾臟的大小縮小，胸腺25天萎縮，Peyer′s斑減少，血中淋巴球減少，GVH移植反應降低，45天前死亡。
10.淋巴細胞增生（Lymphoproliferation,Lpr）小鼠：淋巴細胞增生是一對隱性基因，40周齡前有大的淋巴結，免疫球蛋白增加，高免疫復合物引起的腎炎，有風濕樣關節炎。
11.脂多糖應答（Lipopolysaccharide response,LPS）小鼠：對脂多糖體液與引起絲狀分裂（Mitogemic）的應答減少。
用兩種小鼠C3H/HeJ與BL/10ScCr同型合子做實驗時發現對內毒素抵抗力增強，其它則對內毒素敏感，研究這兩類小鼠對內毒素反應可提供人類對內毒素的反應，包括內毒素引起休克等等。
Lps是細菌外殼革蘭氏陰性。抗原成分Lps內毒素在體內可刺激許多的細胞，包括B細胞、巨噬細胞、纖維母細胞、T細胞均可受到Lps作用，殺腫細胞能力降低，由于突變，可有很多的指標測定其變化。
12．早蛀（Motheaton,Me）小鼠：影響免疫系統的隱生突變，引起T及B細胞的免疫缺陷，脾大，胸腺縮小，淋巴結減少，無GVH反應，對羊紅細胞反應極少，對各種突變原反應降低，多克隆高免疫球蛋白血癥，抗DNA抗體增加，免疫復合物腎炎增加。
13．肥胖（Obese,ob）小鼠：對羊紅細胞（SRBC）反應降低，血清里的IgG減少，對同種異體移植排斥延遲，肥胖病（obesity），高胰島細胞減少（B細胞的演化發生成熟均減少），降低對sss-ⅢIgM 反應（肺炎雙球菌多糖第Ⅲ型IgM反應），對依賴胸腺抗原的反應降低。其它特點同前述。
（十）胃腸道
1．巨結腸（Megacolon）小鼠：特征為結腸慢性便泌和擴張，結腸中含有糞便。這種鼠病與人類的遺傳性巨結腸（Hinschspwrong氏病）很相似，兩者的基本病變都是結腸肌叢中神經節細胞的數目減少或完全缺乏，致病作用是肛門直腸反射紊亂，以致肛門擴張時，直腸不擴張或持續收縮而阻止糞便的排出，結腸末端10毫米常常缺乏神經節細胞。
2．致死性花斑（Piebald-lethal,sv）和致死斑點（Iethal-spotting,ls）突變鼠，鼠的被毛可產生花斑點或白斑點。最終均死于巨結腸。
3．新生鼠腸道脂沉積癥（Neonatalintstinal Lipdosis,Nil）發現于A系小鼠，出現后4天內，哺乳后幾小時，部分小腸呈瓷白色，絨毛固有層中有脂肪聚集，粘膜下層聚集的量更多，這些脂肪大大增厚了粘膜下層，而造成腸道的白色外觀。這是由于小腸運輸脂肪能力先天性缺乏所造成。
（十一）泌尿系統
1．腎發育不全（Dysgenesis of the kidney）小鼠：可以遺傳，突變鼠出生后表現腎靜脈或動脈異常，腎發育不全（小腎），腎發育阻滯（馬蹄腎），一側或兩側腎臟缺乏。如顯性半肢畸形突變鼠（Dominant hemimclia，dh）；眼皰疹突變鼠（Eye-bleb,eb）；少趾突變鼠（Oligodactyly,ol）；Danforth氏短尾突變鼠（danforth′s short-tail,sd）；少并指突變鼠（Oligosyndacty lism,os）。
2．腎盂積水（Hydronephrosis）小鼠：如可發生于髓腦皰疹突變鼠（Myelencephalon,my）；脫位突變鼠（Lnxate,lx）短耳突變鼠（Short ear,se）。
3．多囊腎（Polycystic kidney）小鼠：如可發生于腦疝突變鼠（Brainhernia,bh）;腎病突變鼠（Kidney disease,kd）;ur突變鼠（Urogeuital）。
（十二）生殖系統
1．睪丸雌性化（Testicuiar feminization,Tfm）突變鼠：它在許多臨床、形態和生物化學特征方面與人類的睪丸雌性化綜合征相似。這是假兩性畸形的一種表現，病鼠具有外部正常的雌性表現型，有陰道但無子宮或輸卵管。
2．跳一不育（Hop-sterile,hop）小鼠：純合體雄性動物精子發育不完全，所產生的精子無功能性尾，超微結構研究表明精子尾部缺失或缺陷。