食品生產許可證是工業產品生產許可證的一部分，都是按照國家質檢總局制定的工作程序、審查條件、工作部署開展工作。但兩者也是有一定的區別，首先是管理模式不同。如工業產品生產許可證由省級質量技術監督局負責受理申請，由省級質量技術監督局或者審查部負責審查；而食品生產許可證由市（地）級以上質量技術監督負責受理企業申請并承擔審查工作。
    其次，工業產品生產許可證制度是一種相對獨立的制度，而食品生產許可證則作為食品質量安全市場準入制度的一個環節，是通過對食品生產加工企業保證食品質量安全必備條件的審查來保證食品質量安全的。食品質量安全市場準入制度中的食品生產許可制度、強制檢驗制度、市場準入標識制度等，是密切聯系、相互配套、不可分割的完整體系。