對企業的申請材料進行書面審查，是決定受理企業申請以及保證現場審查工作順利進行的關鍵環節，在整個審查過程中起著非常重要的作用，受理機關應當認真對待。申請材料書面審查的內容包括：申請材料的齊全性、準確性和有效性。
    所謂齊全性，是指規定的材料是否均已提供；企業提供的材料是否能夠表明企業具備《實施細則》規定的基本條件，如：《小麥粉生產許可證實施細則》規定，小麥粉生產企業必須有篩選清理設備、比重去石機、磁選設備、磨粉機、篩理設備、清粉機、微量元素添加設備和其他必要的輔助設備，而企業《申請表》的《企業主要生產設備、設施一覽表》中未列出上述全部設備，則視為企業材料不齊全，應要求企業補全。
    所謂準確性，是指申請材料的填寫內容是否準確。如產品類別及申證單元的填寫是否符合《實施細則》的規定，企業名稱和地址是否與營業執照一致，生產工藝流程圖中標注的關鍵設備和參數與《企業主要生產設備、設施一覽表》中所列設備的情況是否一致等。
    所謂有效性，是指企業提供的相關材料是否合法有效。如企業提供的食品衛生許可證、營業執照、組織機構代碼是否在有效期內，企業標準是否經過備案等。