DNA分子很小，其直徑只有20埃，約相當于五百萬分之一厘米，在它們身上進行“手術”是非常困難的，因此基因工程實際上是一種“超級顯微工程”，對DNA的切割、縫合與轉運，必須有特殊的工具。

　　要把目的基因從供體DNA長鏈中準確地剪切下來，可不是一件容易的事。1968年，沃納·阿爾伯博士、丹尼爾·內森斯博士和漢密爾·史密斯博士第一次從大腸桿菌中提取出了限制性內切酶，它能夠在DNA上尋找特定的“切點”，認準后將DNA分子的雙鏈交錯地切斷。人們把這種限制性內切酶稱為“分子剪刀”。這種“分子剪刀”可以完整地切下個別基因。自70年代以來，人們已經分離提取了400多種“分子剪刀”。有了形形色色的“分子剪刀”，人們就可以隨心所欲地進行DNA分子長鏈的切割了。

　　DNA的分子鏈被切開后，還得縫接起來以完成基因的拼接。1976年，科學們在5個實驗室里幾乎同時發現并提取出一種酶，這種酶可以將兩個DNA片段連接起來，修復好DNA鏈的斷裂口。1974年以后，科學界正式肯定了這一發現，并把這種酶叫作DNA連接酶。從此，DNA連接酶就成了名符其實的“縫合”基因的“分子針線”。只要在用同一種“分子剪刀”剪切的兩種DNA碎片中加上“分子針線”，就會把兩種DNA片段重新連接起來。

　　把“拼接”好的DNA分子運送到受體細胞中去，必須尋找一種分子小、能自由進出細胞，而且在裝載了外來的DNA片段后仍能照樣復制的運載體。理想的運載體是質粒，因為質粒能自由進出細菌細胞，應當用“分子剪刀”把它切開，再給它安裝上一段外來的DNA片段后，它依然如故地能自我復制。有了限制性內切酶、連接酶及運載體，進行基因工程就可以如愿以償了。

　　運載體將目的基因運到受體細胞是基因工程的最后一步，目的基因的導入過程是肉眼看不到的。因此，要知道導入是否成功，事先應找到特定的標志。例如我們用一種經過改造的抗四環素質粒PSC100作載體，將一種基因移入自身無抗性的大腸桿菌時，如果基因移入后大腸桿菌不能被四環素殺死，就說明轉入獲得成功了。（來源：洪恩在線）