對種子有腐蝕作用的肥料碳酸氫銨、氨水等，具有揮發性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗，過磷酸鈣含有游離態的硫酸和磷酸，對種子發芽和幼苗生長會造成傷害，一般不宜做種肥。這類肥料要在翻耕時施入，或施在播種溝下層，不與種子直接接觸，或與土雜肥混合施用。

對種子有毒害作用的肥料尿素在生產造粒過程中，溫度過高就會產生少量縮二脲，縮二脲的含量若超過2%，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，使蛋白質變性，對種子發芽和幼根產生毒害。如果確實需要將尿素當做種肥施用，必須在足墑的條件下，且應與種子隔離，嚴格控制在每畝不超過5公斤，與細土混勻，撒在種子下面2～3厘米。

含有害離子的肥料氯化鉀、氯化銨等化肥含有氯離子，施入土壤后會產生水溶性氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利，甚至燒種燒苗；硝酸銨、硝酸鉀等肥料含有硝酸根離子，對種子發芽有毒害作用。

強堿性的肥料強堿性肥料有窯灰鉀肥、鋼渣磷肥等。窯灰鉀肥含鈣較多，吸水性強，吸水后放出大量熱量，易燒壞種子和幼根。須作種肥時，必須與高于10倍的有機肥料充分混合，施入播種溝（穴）下層，勿與種子直接接觸，并注意播種后及時覆土，以防危害。

未腐熟的人畜糞未經腐熟的生糞作種肥，因肥料在發酵過程中會釋放大量熱能，不僅極易造成燒根，而且釋放氨氣還會灼傷幼苗。人畜糞等農家肥，要經過堆漚高溫發酵，充分腐熟后方可用作種肥。