合理配置 濃度不同的殺菌劑其使用濃度都有特殊要求，配置濃度時一定要嚴格按照“使用說明書”操作，不可隨意加大或縮小。

選準噴施時間 噴施殺菌劑時間過遲或過早都會影響防治效果。應根據作物不同病害的發生規律和具體情況及時用藥。通常在發病前(保護用藥)或發病初期(防患于未然)使用為佳。

掌握用藥次數 殺菌劑的噴藥次數主要是根據藥劑持效期的長短和氣象條件來確定。一般每隔10～15天噴一次，共噴2～3次。遇特殊情況，如施藥后遇雨，應及時補噴一次。

提高用藥質量 用藥數量要適宜，用藥過多會增大成本、易造成藥害，而用藥過少則無法達到用藥目的。用藥質量要講究，噴藥時要求噴霧均勻，力求做到不漏噴。

嚴格防止藥害 殺菌劑造成藥害有多種原因，首先一般水溶性較強的藥劑容易發生藥害，其次不同作物對藥劑的敏感性也不同，例如波爾多液一般不會造成藥害，但對銅敏感的作物也會產生藥害。豆類、馬鈴薯、棉花則對石硫合劑敏感。再者作物的不同生長發育階段對藥劑的反應也不同，一般幼苗和孕穗開花階段容易產生藥害。另外，一般高溫干旱、日照強烈或霧重、高濕等條件下用藥易引起作物藥害。

謹慎藥物混用 殺菌劑不少為堿性農藥，故不能與遇堿性物質易分解失效的殺蟲劑混用，如波爾多液、石硫合劑等呈堿性。還有一些殺菌劑如多菌靈不能與波爾多液、石硫合劑、托布津等殺菌劑混用，同樣會造成殺蟲(菌)微生物喪失生理活性和殺蟲(菌)能力而失效。

注意規避抗藥性 使用殺菌劑也存在作物病害的抗藥性問題。為規避病害抗藥性，要在科學選用農藥的基礎上，切實做好不同類型的藥劑的交替(輪換)使用，嚴禁長期單獨使用一種農藥。